Une nouvelle Porte des étoiles découverte dans la cité perdue d'Atlantis, devient la nouvelle base secrète de l'armée. L'équipe Stargate: Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pegase.
Teal'c se rend sur Atlantis pour conseiller l'impétueux Ronon en vue de l'interview que le CSI veut lui faire passer. Les deux doivent collaborer lorsque les Wraith envahissent la station spatiale intermédiaire dans le but d'envahir la Terre...
Todd contacte Atlantis pour leur révéler qu'un Wraith subalterne a réussi à obtenir plusieurs EPPZ et qu'il les a utilisés pour alimenter un formidable nouveau vaisseau ruche. Il presse alors Woolsey d'attaquer et détruire ce vaisseau avant qu'il ne devienne une menace. Mais ce nouveau vaisseau prouve qu'il est un très puissant adversaire, paralysant le Dédale avant de faire un soudain et inexplicable saut en hyperespace. Perplexe devant ce départ soudain des Wraith, l'équipe découvre un faible signal subspatial Wraith. En l'analysant, McKay remarque vite que ce message a été envoyé, à travers le sous-espace, d'une autre réalité. Une fois déchiffré, leurs pires craintes se concrétisent. Le message Wraith contient les coordonnées de la Terre !
Carter lance une opération de secours pour retrouver l'équipe enfouie sous les décombres de la base de Michael. Pendant ce temps, celui-ci apprenant que sa base s'est auto-détruite, se rend sur place avec un vaisseau ruche et envoie ses hybrides pour capturer les survivants. Cependant, l'arrivée du Dédale pourrait bien nuire à son plan.
Sheppard et le docteur Beckett rejoignent une équipe d'exploration composée uniquement de femmes qui a découvert un laboratoire Wraith.
Rodney McKay perd très rapidement la mémoire et retourne à un état enfantin. Son état a été diagnostiqué trop tard pour le soigner mais Ronon pourrait bien avoir la réponse qui le sauvera.
Rodney Mc Kay est invité à une présentation scientifique de grande importance qu'effectue son rival à l'époque où il était encore étudiant. Accompagné du docteur Jennifer Keller qu'il fait passer pour sa petite amie, McKay se rend sur Terre pour assister à la présentation de son rival. Mais les choses ne se passent pas comme prévues une fois arrivée.
Le rétrovirus proposé par le Dr Keller à Todd, entraîne de graves effets secondaires aux Wraiths qui meurent un par un, Todd contaminé se met en stase afin de stopper l'infection, et fait dirigé son vaisseau ruche vers Atlantis pour requérir l'aide des humains.
Dans l'orbite d'Atlantis, un vaisseau en tout point identique au Dédale, mais totalement abandonné, apparait inexplicablement. Sheppard et le reste de son équipe mènent l'enquête sur cet étrange phénomène, mais après être montés à bord, un pic d'énergie se produit. En analysant les instruments de bords, Rodney remarque vite que la cité d'Atlantis a disparu, alors que le vaisseau n'a pas bougé... En réalité, le vaisseau se déplace aléatoirement dans des dimensions parallèles. L'équipe doit alors tout faire pour revenir rapidement dans notre dimension avant que le vaisseau n'explose.
Le docteur Keller est victime d'une maladie contractée durant le sauvetage des survivants (voir épisode précédent). Parallèlement, avec les informations collectées dans la base de Michael, le sérum dont avait besoin Carson pour survivre est resynthétisé et ce dernier est libéré de sa stase.
Un groupe survivant d'Asuran tente de faire l'ascension entraînant quelques problèmes et le Dr Weir utilise Fran pour communiquer avec Atlantis.
L'équipe de Sheppard part négocier avec une coalition de peuples humains de la galaxie de Pégase. En vérité, ce n'était qu'un prétexte pour attirer les terriens à leur propre procès. Ils sont notamment accusés d'avoir "créé" Michael et doivent s'expliquer sur la drogue Hoffan qui a fait des ravages sur de nombreux mondes. Woolsey doit se rendre lui-même sur la planète afin de négocier.
Sheppard et son équipe doivent évacuer des survivants de l'empoisonnement à la drogue Hoffan avant qu'ils ne soient exterminés par les Wraiths.
Michael et ses hybrides ont réussi à s'emparer de la salle de contrôle d'Atlantis, ce dernier active un champ de protection empêchant quiconque d'atteindre la salle de la porte des étoiles. Il souhaite à tout prix récupérer le bébé de Teyla avant d'enclencher l'autodestruction de la cité.
Sheppard a été enlevé et Woolsey fait la connaissance d'une mystérieuse docteur Conrad, l'expédition fait une découverte choquante sur la nature d'une ancienne race ayant vécue sur cette planète.
L'équipe se rend sur un monde récemment visité par les Wraiths, mais ils doivent rapidement secourir le Dr Keller qui s'est fait kidnapper par un "runner" : la proie des Wraiths.
Quand un autre corps est découvert dans le désert bordant la ville de Las Vegas, l'enquête est confiée au détective John Sheppard. Malgré sa longue expérience de ce genre d'affaires, Sheppard éprouve des difficultés pour résoudre cette affaire, étant confronté à un nouveau type de meurtrier : un Wraith !
Afin de répandre le rétrovirus du docteur Keller sur les Wraiths, Todd demande à Teyla de se faire passer pour la reine de l'Alliance Wraith.
Daniel Jackson revient sur Atlantis pour faire quelques recherches sur Janus, un scientifique Ancien qui pourrait avoir crée une arme capable de détruire les Wraiths.
Jennifer Keller est contrôlée par une conscience alien, une femme rusée et manipulatrice répondant au nom de Neeva. L'équipe découvre que Neeva et Keller ont échangé de corps, utilisant une technologie cachée sur un autre monde.
En pleine mission Ronon est fait prisonnier par un ancien membre de son peuple qui le livre aux Wraiths, il est alors torturé et sous l'effet d'une enzyme qui le fait agir contre Atlantis. Mais l'équipe de Sheppard veut tout tenter pour le récupérer...
Mckay et Daniel Jackson se retrouvent dans un entrepôt appartenant à Janus. Là , ils ont fait la rencontre d'un Asgard qui a pour but d'éliminer les Wraiths de la galaxie. Ce dernier active l'arme de Janus malgré les oppositions de Daniel. L'Asgard sait que son espèce se meurt, et estime qu'ils ne leur restent pas assez de temps pour travailler sur une autre option.
Lors d'une mission interplanétaire, Sheppard est victime d'un cristal quasi similaire à celui que Jack O'Neill avait touché dans la saison 1 à la différence que la forme de vie présente dans ce minéral profite de posséder Sheppard et de s'immiscer dans les rêves de l'expédition d'Atlantis afin de se nourrir de leur peur dont elle est très friande.
Sheppard retourne sur Atlantis après une mission et trouve la cité abandonnée et tous les systèmes éteints. À la place de l'océan, Atlantis se trouve entourée de dunes de sable à perte de vue. Au cours de son exploration, il trouve un hologramme du Dr McKay qui lui explique la situation.
Le Carson Beckett ramené par Sheppard se révèle, après les analyses du docteur Keller, être un clone issu des expériences menées par Michael. Ce dernier, possèdant le raisonnement et les souvenirs de l'original est, bien malgré lui, à l'origine de la nouvelle souche du médicament Hoffan. Quoiqu'il en soit, il est bien déterminé à réintégrer Atlantis et à mettre fin aux actions de Michael.
Les Asuran partageant les idées de Niam recréent des doubles de Sheppard, McKay, Weir, Teyla et Ronon afin d'observer pourquoi ils n'arrivent pas à atteindre l'Ascension.
L'équipe d'Atlantis est contrainte de faire équipe avec les Wraith afin d'éliminer les Asuran une bonne fois pour toutes. Les vaisseaux de Larrin se joignent à eux pour cet affrontement inédit et impensable.
Peu après un échanges de mails entre Rodney McKay et sa soeur concernant le programme des nanites, cette dernière - toujours sur Terre - est kidnappée par une équipe de commandos. McKay décide de participer à l'enquête sur Terre et reçoit l'aide de l'agent Barret pour retrouver les kidnappeurs. Sheppard et Ronon se joignent également aux recherches.
À cause d'une anomalie atmosphérique dûe à la nouvelle planète, le système de confinement s'enclenche automatiquement croyant à une épidémie dans Atlantis. Face à ces mesures de sécurité maximales, tous les habitants de la Cité se retrouvent donc pris au piège, sans moyen de communication.
Lors d'une visite sur un monde avec lequel l'équipe de Sheppard avait précédemment créé un lien commercial, Sheppard et McKay doivent entreprendre un pèlerinage afin de protéger la future reine et l'avenir de leurs relations diplomatiques avec ce monde.
L'équipe d'Atlantis découvre un complexe secret Wraith où elle découvre comment les Wraith ont battu les Anciens.
Teal'c se rend sur Atlantis pour conseiller l'impétueux Ronon en vue de l'interview que le CSI veut lui faire passer. Les deux doivent collaborer lorsque les Wraith envahissent la station spatiale intermédiaire dans le but d'envahir la Terre...
Lors d'une mission diplomatique sur une planète minière au sous-sol instable, McKay, Carter et le docteur Keller tombent dans une chambre condamnée sur le point de s'effondrer.
Alors que Sheppard - accompagné de Ronon - est de retour sur Terre pour les obsèques de son père, il est contacté par Ava Daxon, une scientifique ayant travaillé sur un Asuran créé dans un laboratoire terrien... et qui a pris la poudre d'escampette.
En recherchant les Athosiens, l'équipe rencontre un homme aux capacités prophétiques extraordinaires qui leur fait une sombre prédiction sur l'avenir d'Atlantis. Atlantis apprend également que les Asuran ont décidé d'éradiquer les Wraith en les privant de source de nourriture... donc en eradiquant les humains.
Une "nouvelle" épidémie se répand et tue environ 30% de la population des planètes qu'elle contamine. Cependant, il n'existe aucun lien entre elles car l'épidémie frappe au hasard ce qui laisse à penser que la propagation ne suit pas une voie naturelle. Il semblerait que cette épidémie provienne d'une souche "améliorée" du médicament Hoffan. Parallèlement, Teyla est capturée par Michael tandis que l'équipe chargée de la secourir fait une connaissance inattendue.
Ronon retrouve d'anciens compagnons d'armes qu'ils croyaient morts sur Sateda. Alors que ces amis sollicitent de l'aide à Atlantis pour attaquer un repère Wraith, Ronon se demande s'il désire demeurer sur Atlantis ou rejoindre ses compagnons. Mais la mission ne se déroulera pas exactement selon le plan prévu.
Ayant remédié temporairement au problème d'énergie de la cité, l'expédition d'Atlantis se prépare à une mission risquée pour récupérer un ZPM au coeur de la planète mère des Asurans.
À la dérive dans l'espace, coincée dans la cité d'Atlantis, l'expédition tente par tous les moyens de rejoindre leur nouveau monde avant qu'il ne soit trop tard.
Lors d'une visite sur le nouveau campement Athosien, Teyla et le Docteur Keller se retrouvent poursuivies par une tribu primitive de guerriers.
Lorsqu'un virus cause l'amnésie de chacun excepté de Teyla et Ronon, les membres d'Atlantis doivent travailler ensemble pour trouver un remède avant que leur mémoire ne s'efface entièrement.
Le Colonel Sheppard est capturé par les habitants d'un vaisseau de guerre. Larrin, leur commandante souhaite employer sa capacité à utiliser la technologie des Anciens pour arriver à réparer un vaisseau de guerre Ancien.
Alors que la cité est paisible et que tout le monde vaque à ses occupations, une explosion retentit, faisant de nombreux dégâts. L'origine serait une tumeur explosive et Beckett compte tout faire pour qu'il n'y ait pas d'autre victime... en négligeant sa propre sécurité.
Le Colonel Abe Ellis arrive à Atlantis dans un nouveau vaisseau, l'Apollo, et avec une nouvelle mission. Le docteur Weir redoute cette opération qui risquerait de déclencher une guerre contre un ennemi très puissant. Quand la mission prend un mauvais tournant, Weir doit trouver une solution pour sauver Atlantis
L'équipe Atlantis découvre les derniers survivants d'une civilisation placés en état de stase dans une station spatiale. Mais lorsqu'un des scientifiques est réveillé par l'équipe Atlantis, les problèmes du passé ressurgissent et risquent de mettre en danger la vie de tous ceux qui se trouvent à bord de la station
L'équipe Atlantis part à la recherche d'une source d'énergie dans l'océan de Lantea. L'exploration de la station géothermale commence, mais Teyla détecte la présence d'un Wraith.
L'équipe Atlantis remarque qu'elle n'a pas eu de nouvelles des Taraniens depuis très longtemps et décide d'enquêter. Mais les Taraniens ont disparu de leur village. Servant de cobayes pour d'étranges expériences, certains semblent avoir été victimes de l'insecte Iratus...
Pour passer le temps, Sheppard et McKay s'affrontent au cours d'un jeu de stratégie en temps réel qu'ils ont découvert sur Atlantis. Mais, à leur grande surprise, ils apprennent que ce jeu a une véritable influence sur les habitants de deux villes d'une autre planète. Il faut désormais mettre fin à la guerre qui a débuté entre les deux cités concurrentes... Une mission diplomatique plus délicate qu'il n'y paraît...
Quand Sheppard et son équipe entendent parler des exploits d'un grand guerrier, ils entreprennent de le retrouver dans l'espoir d'en faire un nouvel allié. Contre toute attente, leurs recherches vont les amener à recroiser deux vieilles connaissances...
Alors qu'il coupe l'énergie de certains systèmes d'Atlantis, McKay est frappé par un rayon émis par un mystérieux appareil. Il s'aperçoit qu'il détient à présent des super-pouvoirs. Mais sa joie est de courte durée : les effets de sa mutation pourraient lui être mortels. L'équipe doit trouver un moyen pour sauver McKay avant qu'il ne soit trop tard...
Lorsque des baleines de Lantea se regroupent autour de la ville, les habitants d'Atlantis sont victimes de symptômes inquiétants. De son côté, Teyla a des visions dans lesquelles les Anciens, récemment massacrés par les Réplicateurs, semblent essayer de la prévenir d'un danger. Dès lors, une question se pose : les baleines sont-elles ici pour entrer en contact avec les habitants ou pour les attaquer ?
L'équipe doit libérer O'Neill et Woolsey, tous deux prisonniers des Asuran occupant Atlantis.
En explorant une planète inconnue, Ronon a un mauvais pressentiment sur cette expédition. Ils arrivent dans un petit village où les habitants, pris de terreur en les voyant, ouvrent le feu et blessent McKay. Ils retournent à la Porte des étoiles, mais seul Ronon arrive à passer de l'autre côté, laissant ses coéquipiers inertes sur la planète.
La mission de Jack O'Neill pour défendre Atlantis échoue lorsque Richard Woolsey et luimême sont faits prisonniers pendant un assaut des Réplicateurs. L'équipe de Sheppard, le Docteur Weir et le Docteur Carson volent un jumper et partent pour la galaxie Pégase dans l'espoir de les sauver. Mais parviendront-ils à reprendre Atlantis ?
Le docteur Weir se réveille dans un institut psychiatrique. Les médecins lui expliquent que tout ce qu'elle sait sur le programme de la Porte des étoiles et d'Atlantis n'est autre que le fruit de son imagination. Mais très vite, Weir se rend compte qu'elle est bien loin d'être folle.
Le docteur Weir accompagne Sheppard et son équipe en mission sur une planète dont la civilisation des habitants ressemble à s'y méprendre à celle des anciens. Excités par cette découverte, ils tentent de former une alliance avec ce nouveau peuple : les Asuran.
Kolya, un ancien ennemi Genii d'Atlantis, capture Sheppard. Il souhaite s'en servir comme monnaie d'échange pour traiter avec Atlantis et récupérer les technologies qui l'intéresse. Pour cela il choisit d'envoyer une vidéo à Weir où l'on voit Sheppard torturé par un Wraith.
L'équipe du colonel Sheppard explore un petit village où les habitants semblent mener une vie tranquille et remplie d'insouciance. Lucius, le chef charismatique et respecté par sa congrégation propose de créer une alliance avec Atlantis afin d'échanger les précieux remèdes médicinaux qu'il a conçu contre certaines technologies d'Atlantis.
Le Dédale remporte tant bien que mal la bataille contre les deux vaisseaux ruches et Sheppard échappe de justesse à la mort suite à l'attaque de son F302. Il décide d'entreprendre une mission afin de libérer McKay et Ronon qui sont toujours emprisonnés par les Wraith. De son côté, Weir, qui s'est rendue au SGC, tente de mettre en place un plan d'attaque afin d'empêcher les vaisseaux ruches Wraith d'arriver sur Terre.
Sheppard et son équipe sont de retour à Atlantis en possession du vaisseau ruche Wraith dont ils se sont emparés pour s'échapper. Le Dr Weir félicite son équipe pour son succès dans la lutte contre les Wraith et leur présente Richard Woolsey qui l'a accompagnée pour l'évaluer dans son travail à la tête de l'expédition. Reste maintenant à déterminer le sort des 200 Wraith qui ont été capturés et humanisés par l'équipe du docteur Beckett.
Sheppard informe la base que l'équipe du Major Leonard n'a pas fait son rapport comme il était convenu. En se rendant sur la planète où l'équipe a disparu, Sheppard découvre qu'ils ont du faire face à des Genii, qui n'ont pas survécu à la bataille.
Rodney est de retour sur Terre pour demander à sa soeur Jeannie, une brillante scientifique qui a abandonné sa carrière pour une vie de famille paisible, de joindre le SGC pour les aider à résoudre un problème délicat.
Atlantis scelle une alliance avec une faction rebelle Wraith, menée par Michael, pour anéantir les autres Wraith, avec qui ils sont en guerre civile. Mais soudain la faction se ravise, McKay et Ronon sont retenus prisonniers et Sheppard disparaît sous les feux de l'ennemi. Durant leur fuite, les Wraith ont téléchargé les données de localisation de la Terre...
L'équipe de Sheppard tente d'évacuer le peuple taranien qui puise son énergie du supervolcan sur lequel leur base a été bâtie. Mais le volcan se réveille...
Michael se réveille amnésique dans le laboratoire du docteur Beckett et suspecte bientôt l'équipe d'Atlantis de l'avoir utilisé comme cobaye pour tester leur virus qui transformerait tout Wraith en être humain...
Alors que le major Lorne disparaît dans des circonstances étranges, le bras droit du chef Genii, Ladon, propose un marché à Atlantis pour utiliser sa force militaire et effectuer un coup d'Etat. L'armistice signée avec ce vieil ennemi touche bientôt à sa fin...
L'équipe de Sheppard découvre une réplique de la cité d'Atlantis sur une planète de la galaxie de Pégase. Un seigneur protecteur a institué un système féodal et menace le peuple asservi grâce aux technologies des Anciens. Le roi étant proche de la mort, Sheppard, capturé, paraît être l'unique solution génétique pour maintenir la lignée des oppresseurs...
Ramené sur Atlantis, un couple de prétendus combattants ennemis, retrouvés dans des caissons de survie dérivant dans l'espace, dupe Weir et Sheppard et utilise leur corps pour terminer leur lutte sans merci jusqu'à ce que mort s'en suive...
Le docteur McKay se retrouve prisonnier des profondeurs aquatiques, enfermé dans un Jump. Samantha Carter est la seule capable de sauver le docteur claustrophobe.
Une bombe posée sur Atlantis par un membre de la Confrérie, infiltrée par les Goa'uld, explosera dès la prochaine activation de la porte des étoiles. Le Dédale prête alors assistance à la base du docteur Weir, déterminée à démasquer le traître embarqué dans leurs rangs.
McKay tente de prévenir le docteur Weir du danger encouru par Sheppard, Teyla et Ronon, qui, sur les ordres de Ford, sont partis saboter un vaisseau Wraith.
La curiosité du colonel Sheppard l'entraîne dans un monde parallèle où le temps est dilaté. Un peuple y vit, bloqué, avec comme unique possibilité de salut l'ascension spirituelle. Le docteur McKay doit sauver le colonel, soumis à un vieillissement prématuré, avant qu'il ne soit trop tard !
Le lieutenant Ford, réfugié sur une planète où il est devenu le chef d'une équipe de super soldats dopés à l'enzyme Wraith, force Sheppard et son équipe à participer au sabordage d'un vaisseau ruche ennemi.
Dans un système solaire lointain, l'équipe de Sheppard localise un vaisseau de guerre des Anciens, nommé l'Aurore. A son bord, l'équipage au complet maintenu artificiellement en vie depuis 10 000 ans. Quand McKay découvre un système permettant aux membres de communiquer entre eux, Sheppard décide de l'infiltrer afin d'obtenir toujours plus d'informations sur la civilisation disparue.
Dans la galaxie de Pégase, Sheppard et son équipe partent en chasse d'un wraith qui terrorise un village depuis une décennie. A leur grande surprise, ils découvrent une femelle élevée en secret par un villageois prétendant avoir fabriqué un breuvage humanisant la créature. Intéressé pour l'élaboration son virus, Beckett étudie Ellia, prête à tout pour prendre forme humaine. Mais d'autres cadavres sont retrouvés et la population s'embrase.
Sheppard se transforme progressivement en Wraith après avoir été attaqué par une de ces créatures. En dépit des efforts du docteur Carson et de l'équipe, le processus de mutation se poursuit irrémédiablement. L'heure est grave pour Sheppard, seul à pouvoir sauver sa vie...
Lors d'une exploration de routine, dans un cimetière de vaisseaux Wraith, un avant-post de l'armée des Anciens est découvert, avec à bord la plus puissante source d'énergie jamais égalée. Son activation est un cuisant échec mais McKay s'obstine en prenant de grands risques. Pendant ce temps, Ronon Dex apprend qu'une infime partie de son peuple a survécu à l'attaque Wraith, notamment son ancien chef militaire.
En s'écrasant sur une planète laissée étonnement indemne par les Wraith, l'équipe de Sheppard découvre une île pénitentiaire à proximité de la porte de étoiles où finalement l'ennemi opère ses sélections en toute quiétude parmi les rebus de la cité Olésianne. Sans nouvelle de son contingent, Weir part à la rencontre du dirigeant du peuple, Le Juge.
Sheppard et son équipe se lancent sur les traces du lieutenant Ford, réfugié sur une planète au climat équatorial. Sur place, Sheppard et Teila sont capturés par " un coureur " que les Wraith pistent et chassent pour le plaisir. Ford surprend McKay qui constate l'étendue de ses pouvoirs aliènes. Mais le déserteur réussit à échapper à la mission tandis que Ronon le coureur est recueilli sur le SGC.
En exploration sur une planète, le docteur Mckay et le lieutenant Laura Cadman se font aspirer dans un vaisseau Wraith que l'équipe de Sheppard s'empresse d'abattre. Retenus tous deux prisonniers dans le système de l'appareil, Zelenka parvient seulement à rematérialiser McKay. Cadman, ayant été transférée dans l'esprit du docteur, prend ensuite le contrôle de son corps à son insu. Une expérience de vie insolite et dangereuse pour les deux...
Grâce aux technologies "hasgardes" d'Hermione et à l'assistance du Dédale du Colonel Cadwell, Sheppard est sauvé et le bouclier protecteur d'Atlantis est activé avec succès. Mais la bataille n'est pas terminée car d'autres vaisseaux Wraith sont en approche. Teila et Ford, portés disparus, sont maintenant hors de danger ; excepté Ford, dont l'organisme est fortement perturbé par l'ennemi...
Depuis la fuite de Ford dans l'espace, le croiser Dédale est infecté par un virus informatique Wraith prenant le contrôle des commandes. Après plusieurs tentatives risquées de réinitialisation et deux morts à déplorer, McKay et son équipe sont en échec face à ce virus mutant, les menant droit vers un bastion Wraith. Lors d'une rencontre organisée sur Terre entre membres d'Atlantis et de SG-1, le Dr.Weir apprend que le Pentagone favorise Cadwell pour commander le contingent militaire sur Atlantis, Sheppard étant indiscipliné etincontrôlable.
Les Wraith mettent le cap sur Atlantis dans le but de rallier la Terre, planète d'abondance. Pour les arrêter, il faut soit remettre en marche le bouclier de la cité, ce qui est impossible, soit détruire la cité, ce qui est impensable, soit utiliser le satellite Lagrange stationné à proximité pour tirer sur la flotte ennemi. Une mission de réparation du satellite est conduite par Rodney, qui réussit à abattre un vaisseau-mère avant de se faire détruire avec Peter Godin à bord. Un programme d'auto-destruction de la base et des savoirs est enclenché par Zelenka ; malheureusement, les données des anciens ne peuvent être sauvegardées en intégralité pour la postérité. Pendant ce temps, Weir sonde l'espace pour trouver une planète d'évacuation quand soudain, Bates est s�
Un contingent militaire provenant de la Terre est envoyé pour prendre les commandes d'Atlantis et défendre la cité de l'attaque imminente des Wraith. Un combat de longue haleine engage les forces militaires commandées par le Colonel Everett, qui exige du docteur Weir et de sa flotte une entière obéissance. Ce tour de force est mal vécue par le contingent d'Atlantis et notamment par le major Sheppard, qu'Everett tient pour responsable de la mort de son supérieur. Dans un climat de guerre, les relations tendues entre les différentes hiérarchies n'arrangent pas la coordination des opérations.
Alors que les nuits sont calmes sur Atlantis, Teyla ne cesse de cauchemarder sur les Wraith. Sheppard lui conseille de consulter la psy de la station, Kate, qui flirte avec Rodney. Toujours angoissée, Teyla se rend sur le continent avec Carson pour consulter sa grand-mère qui lui révèle le terrible secret de sa lignée. Elle fait partie de "ceux qui sont revenus" et possède des pouvoirs inscrits dans son identité génétique ! Sitôt Weir autorise Teyla, Sheppard, Ford et McKay à visiter les grottes où les Wraith s'adonnaient à des expériences eugéniques sur les atoziens. Ils reviennent avec un collecteur de données révélant la présence de gènes Wraith chez Teyla et la responsabilité involontaire des anciens concernant l'évolution actuelle des choses...
L'heure est grave : les Wraith accosteront sur Atlantis dans moins de deux semaines. Il n'y a plus d'espoir, sauf à tenter de récupérer un E2PZ sur la planète M7G 677, située sur le parcours de la flotte ennemie pour s'y ravitailler. Cette arme est la seule qui puisse encore sauver Atlantis et l'humanité. Sheppard part en mission accompagné de Teyla, connaissant le chef des habitants, Orin, qu'elle espère sauver avant l'attaque des Wraith. Pendant ce temps, sur la base, Weir a intimé l'ordre pour tout l'équipage de constituer des messages vidéos d'adieux destinés à leurs proches, qui suivra le message officiel de détresse destiné au SGC sur Terre.
Durant une inspection de routine sur Atlantis, un groupe sous le commandement du docteur McKay lance une alerte et plusieurs décèdent d'une rupture d'anévrisme générée par des hallucinations. Pour le docteur cartésien, ces décès ne paraissent pas naturels et l'ordre est donné de mettre Atlantis sous quarantaine. Isolée, l'équipe de chercheurs de McKay découvrent un laboratoire en virologie des Anciens totalement dévasté. Défiant l'autorité du docteur Weir, Sheppard et Teyla partent en combinaison anti-contamination à la poursuite d'un échappé du groupe. Rapidement, la cité détecte le nano-virus du forcené et se bloque au point de laisser les résidents sans contrôle de la situation. Persuadé d'être le prochain sur la liste, McKay énonce ses dernières volontés..
Au cours d'un vol exploratoire, l'équipe de Sheppard, assaillie par des tirs surprises émanant de chasseurs Wraith, est sauvée de justesse par un mystérieux champ énergétique. Stupéfaite et ébahie, l'équipe suit le phénomène jusqu'à une planète inconnue, Proculis, où ils atterrissent. Sur cette zone fertile et luxuriante, Sheppard, Teyla, Mckay et Ford découvrent un monde humain étrangement resté à l'écart des attaques meurtrières des Wraith. D'ailleurs, selon le prêtre Zarah, c'est la première rencontre du peuple avec des étrangers...
Lors de l'inspection d'Atlantis, Sheppard, Ford et Teyla découvrent une femme en état de stase depuis 10 000 ans. A son réveil, l'équipe découvre que l'Atlante congelée est le docteur Weir ! Suite au premier débarquement raté et à l'évacuation forcée d'Atlantis, Weir s'est échappée en ignorant se trouver à bord d'une machine à voyage dans le temps. Elle s'est ensuite réveillée cent siècles plus tôt dans la même cité occupée par les Atlantes...
Sheppard, Ford et Teyla accompagnent McKay sur la planète Dagan où les anciens auraient chargé une communauté de 15 religieux de veiller sur un EPZ, seul générateur d'énergie capable de restaurer le bouclier de protection d'Atlantis contre les Wraith. L'équipe s'affaire de fouiller le temple et les environs à l'aide d'Allina et Sanir. Malheureusement, cette dernière les a trahi pour de l'argent au profit du Commandant Kolya, que Sheppard croyait avoir éliminé. Pendant ce temps, un dart menace Atlantis alors que les pilotes sont absents...
En explorant l'espace, Sheppard, McKay ainsi que les docteurs Abrams et Gaul tombent sur un gigantesque vaisseau-mère abandonné, datant de la bataille des Anciens. A proximité, ils captent un très faible signal de détresse en Wraith et décident d'atterrir sur la planète attenante. Sur place, dans le désert aride, ils découvrent un vaisseau de ravitaillement Wraith où des cadavres jonchent les lieux où les épargnés ont fini par devenir cannibales. Pourtant, des milliers de corps humains chrysalidés sont entreposés, pouvant nourrir un bastion Wraith sur des milliers d'années. Sentant le danger imminent, Sheppard donne l'ordre d'évacuer...
McKay, Weir et le personnel d'Atlantis sont toujours les prisonniers des Genii, alors que seul Sheppard leur échappe encore et que Tayla, Ford et Carson sont toujours bloqués sur le continent. Pendant ce temps, la tempête s'intensifie, et McKay continue de chercher un moyen d'alimenter les boucliers alors qu'Atlantis est de plus en plus menacée...
A la recherche d'un partenariat commercial pour des vivres, une mission est envoyée sur la planète des Genii, un peuple fermier avec lequel Tayla a déjà fait des échanges. A la grande surprise de Sheppard, les Genii préfèrent du C4 à des médicaments contre leurs récoltes. Son étonnement est d'autant plus grand quand McKay et lui découvrent l'existence d'un gigantesque réseau sous-terrain...
Une expédition menée sur une planète a montré que cette dernière recèlerait suffisamment d'énergie pour créer un vortex vers la Terre. Le Dr Weir accompagne l'équipe qui retourne sur cette planète pour tenter l'expérience, qui réussit. Ils parviennent alors à contacter le SGC et retourner sur Terre. Mais tout ne semble pas si réel...
Une énorme tempête arrive sur Atlantis. Sheppard et Ford vont sur une autre planète pour négocier l'évacuation d'Atlantis, pendant que McKay et Zelenka cherchent un moyen d'alimenter le bouclier protégeant Atlantis. Cependant, les Genii ont appris que Atlantis allait être vulnérable...
L'équipe visite un monde, celui des Hoffans, où les Wraiths viennent régulièrement se nourrir, mais qui chaque fois se reconstruit et tente de se défendre contre eux. Leur plus grande recherche concerne un vaccin anti-Wraith. Le Major Sheppard propose alors l'aide de Carson dans l'élaboration du vaccin...
Le Major Sheppard et son équipe visitent un monde et y détectent une source d'énergie, avant de s'écraser et de se rendre compte que leurs appareils ne fonctionnent plus. Ils font ensuite la rencontre des habitants de cette planète, qui se plient à un sacrifice suicidaire pour dissuader les Wraiths de venir sur leur planète. McKay découvre alors l'existence d'un champ magnétique...
Les expéditions sur différentes planètes se soldant systématiquement par une rencontre avec les Wraiths, les voyages sont temporairement suspendus. Le Dr Weir décide alors d'interroger les Athosiens. Pendant ce temps, McKay et Zelenka ouvrent le toit d'Atlantis, permettant ainsi au Major Sheppard de faire une reconnaissance de la planète, pour y découvrir un continent, sur lequel les Athosiens s'installent...
L'expédition s'installe peu à peu sur Atlantis. Pendant ce temps, McKay accepte de tester une thérapie génique pour recevoir le gène Ancien. Alors qu'il jouait avec un camarade, un enfant Athosien se perd dans la cité. Au même moment, une ombre a été aperçue par plusieurs personnes sur Atlantis...
La première mission de Shepard, qui s'est adjoint les compétences de Teila, s'est soldée par un échec. Surpris par les Races dont il devait localiser la base et pris à la gorge par une créature de type parasite, il regagne en catastrophe la navette Jumper One. Mais à l'instant de s'engager dans la porte des étoiles, la navette reste coincée dans le vortex. Shepard est à l'agonie et la porte se refermera automatiquement 38 minutes plus tard, entraînant la déstructuration de Jumper One et la mort de son équipage. Depuis Atlantis, le Dr Weir organise un plan de sauvetage pendant qu'à bord Rodney tente anxieusement de sortir de l'impasse...
Le Major Sheppard arrivant peu à peu à maîtriser les vaisseaux des Anciens, une mission de sauvetage est organisée pour secourir les prisonniers faits par les Wraiths. Sur Atlantis, McKay continue de découvrir peu à peu la citée...
Alors que le Dr Weir et son équipe mènent des recherches au sein de l'avant-poste en Antarctique, Daniel Jackson découvre l'adresse d'Atlantis, la cité perdue, dans la galaxie Pegasus. Une expédition est alors envoyée sur Atlantis, qui une fois arrivée, découvre la citée s'animer peu à peu. Le Dr Weir envoie une équipe en reconnaissance sur une planète de la galaxie. Sur place, ils rencontrent un peuple mené par Teyla...
Teyla a des visions de Kanaan vivant et la suppliant de ne pas abandonner les recherches. Le docteur Keller découvre l'origine d'une maladie qui se propage et touche plusieurs planètes : il s'agirait d'une protéine élaborée par le peuple Hoffnan pour enrayer le processus alimentaire des Wraiths...
Partis pour sauver Teyla, retenue par Michael, le colonel Sheppard et son équipe découvrent un clone du docteur Carson Beckett. Alors que toute l'équipe est dans un bar, ils sont attaqués par Nabel, une vieille connaissance. De son côté, Teyla retrouve les rares survivants de son peuple...
Sheppard retourne sur Atlantis après une mission et trouve la cité abandonnée et tous les systèmes éteints. À la place de l'océan, Atlantis se trouve entourée de dunes de sable à perte de vue. Au cours de son exploration, il trouve un hologramme du Dr McKay qui lui explique la situation.
Carter lance une opération de secours pour retrouver l'équipe enfouie sous les décombres de la base de Michael. Pendant ce temps, celui-ci apprenant que sa base s'est auto-détruite, se rend sur place avec un vaisseau ruche et envoie ses hybrides pour capturer les survivants. Cependant, l'arrivée du Dédale pourrait bien nuire à son plan.
Le docteur Keller est victime d'une maladie contractée durant le sauvetage des survivants (voir épisode précédent). Parallèlement, avec les informations collectées dans la base de Michael, le sérum dont avait besoin Carson pour survivre est resynthétisé et ce dernier est libéré de sa stase.
En pleine mission Ronon est fait prisonnier par un ancien membre de son peuple qui le livre aux Wraiths, il est alors torturé et sous l'effet d'une enzyme qui le fait agir contre Atlantis. Mais l'équipe de Sheppard veut tout tenter pour le récupérer...
Dans l'orbite d'Atlantis, un vaisseau en tout point identique au Dédale, mais totalement abandonné, apparait inexplicablement. Sheppard et le reste de son équipe mènent l'enquête sur cet étrange phénomène, mais après être montés à bord, un pic d'énergie se produit. En analysant les instruments de bords, Rodney remarque vite que la cité d'Atlantis a disparu, alors que le vaisseau n'a pas bougé... En réalité, le vaisseau se déplace aléatoirement dans des dimensions parallèles. L'équipe doit alors tout faire pour revenir rapidement dans notre dimension avant que le vaisseau n'explose.
Un groupe survivant d'Asuran tente de faire l'ascension entraînant quelques problèmes et le Dr Weir utilise Fran pour communiquer avec Atlantis.
Rodney McKay perd très rapidement la mémoire et retourne à un état enfantin. Son état a été diagnostiqué trop tard pour le soigner mais Ronon pourrait bien avoir la réponse qui le sauvera.
Sheppard et le docteur Beckett rejoignent une équipe d'exploration composée uniquement de femmes qui a découvert un laboratoire Wraith.
Afin de répandre le rétrovirus du docteur Keller sur les Wraiths, Todd demande à Teyla de se faire passer pour la reine de l'Alliance Wraith.
L'équipe se rend sur un monde récemment visité par les Wraiths, mais ils doivent rapidement secourir le Dr Keller qui s'est fait kidnapper par un "runner" : la proie des Wraiths.
Daniel Jackson est de retour sur Atlantis car ses recherches suggèrent qu'un scientifique rebelle y aurait un laboratoire secret. Décidé à retrouver cette cachette, il sollicite l'aide de McKay. Ils localisent l'endroit où se situe le laboratoire, activant par mégarde un signal vers une planète lointaine...
McKay et Daniel Jackson se retrouvent dans un entrepôt ayant appartenu à Janus. Ils y font la connaissance d'un Asgard qui a pour but d'éliminer les Wraiths de la galaxie. Contre l'avis de Daniel, McKay active l'arme de Janus. L'Asgard sait que son espèce se meurt et pense qu'il ne leur reste pas assez de temps pour trouver une autre solution...
Sheppard et son équipe doivent évacuer des survivants de l'empoisonnement à la drogue Hoffan avant qu'ils ne soient exterminés par les Wraiths.
L'équipe de Sheppard part négocier avec une coalition de peuples humains de la galaxie de Pégase. En vérité, ce n'était qu'un prétexte pour attirer les terriens à leur propre procès. Ils sont notamment accusés d'avoir "créé" Michael et doivent s'expliquer sur la drogue Hoffan qui a fait des ravages sur de nombreux mondes. Woolsey doit se rendre lui-même sur la planète afin de négocier.
Michael et ses hybrides ont réussi à s'emparer de la salle de contrôle d'Atlantis, ce dernier active un champ de protection empêchant quiconque d'atteindre la salle de la porte des étoiles. Il souhaite à tout prix récupérer le bébé de Teyla avant d'enclencher l'autodestruction de la cité.
Sheppard a été enlevé et Woolsey fait la connaissance d'une mystérieuse docteur Conrad, l'expédition fait une découverte choquante sur la nature d'une ancienne race ayant vécue sur cette planète.
Rodney Mc Kay est invité à une présentation scientifique de grande importance qu'effectue son rival à l'époque où il était encore étudiant. Accompagné du docteur Jennifer Keller qu'il fait passer pour sa petite amie, McKay se rend sur Terre pour assister à la présentation de son rival. Mais les choses ne se passent pas comme prévues une fois arrivée.
Le rétrovirus proposé par le Dr Keller à Todd, entraîne de graves effets secondaires aux Wraiths qui meurent un par un, Todd contaminé se met en stase afin de stopper l'infection, et fait dirigé son vaisseau ruche vers Atlantis pour requérir l'aide des humains.
Quand un autre corps est découvert dans le désert bordant la ville de Las Vegas, l'enquête est confiée au détective John Sheppard. Malgré sa longue expérience de ce genre d'affaires, Sheppard éprouve des difficultés pour résoudre cette affaire, étant confronté à un nouveau type de meurtrier : un Wraith !
Todd contacte Atlantis pour leur révéler qu'un Wraith subalterne a réussi à obtenir plusieurs EPPZ et qu'il les a utilisés pour alimenter un formidable nouveau vaisseau ruche. Il presse alors Woolsey d'attaquer et détruire ce vaisseau avant qu'il ne devienne une menace. Mais ce nouveau vaisseau prouve qu'il est un très puissant adversaire, paralysant le Dédale avant de faire un soudain et inexplicable saut en hyperespace. Perplexe devant ce départ soudain des Wraith, l'équipe découvre un faible signal subspatial Wraith. En l'analysant, McKay remarque vite que ce message a été envoyé, à travers le sous-espace, d'une autre réalité. Une fois déchiffré, leurs pires craintes se concrétisent. Le message Wraith contient les coordonnées de la Terre !
Jennifer Keller est contrôlée par une conscience alien, une femme rusée et manipulatrice répondant au nom de Neeva. L'équipe découvre que Neeva et Keller ont échangé de corps, utilisant une technologie cachée sur un autre monde.
Quand un autre corps est découvert dans le désert bordant la ville de Las Vegas, l'enquête est confiée au détective John Sheppard. Malgré sa longue expérience de ce genre d'affaires, Sheppard éprouve des difficultés pour résoudre cette affaire, étant confronté à un nouveau type de meurtrier : un Wraith !
Todd contacte Atlantis pour leur révéler qu'un Wraith subalterne a réussi à obtenir plusieurs EPPZ et qu'il les a utilisés pour alimenter un formidable nouveau vaisseau ruche. Il presse alors Woolsey d'attaquer et détruire ce vaisseau avant qu'il ne devienne une menace. Mais ce nouveau vaisseau prouve qu'il est un très puissant adversaire, paralysant le Dédale avant de faire un soudain et inexplicable saut en hyperespace. Perplexe devant ce départ soudain des Wraith, l'équipe découvre un faible signal subspatial Wraith. En l'analysant, McKay remarque vite que ce message a été envoyé, à travers le sous-espace, d'une autre réalité. Une fois déchiffré, leurs pires craintes se concrétisent. Le message Wraith contient les coordonnées de la Terre !
Robert C. Cooper
Producteur
Brad Wright
Créateur
Martin Gero
Scénariste
Michael Shanks
Guest star
Mark Dacascos
Guest star
Joe Flanigan
Acteur
David Hewlett
Acteur
Rachel Luttrell
Actrice
Joel Goldsmith
Musicien
Jason Momoa
Acteur
Christopher Heyerdahl
Voix Off VO
Trevor Devall
Voix Off VO
Connor Trinneer
Voix Off VO
N. John Smith
Producteur
Jennifer Johnson
Producteur
John G. Lenic
Producteur
Damian Kindler
Scénariste
Treena Hancock
Scénariste
Alan Brennert
Scénariste
Melissa R. Byer
Scénariste
Rick Chadock
Musicien