Une nouvelle Porte des étoiles découverte dans la cité perdue d'Atlantis, devient la nouvelle base secrète de l'armée. L'équipe Stargate: Atlantis a pour mission d'explorer la galaxie Pegase.
Todd contacte Atlantis pour leur révéler qu'un Wraith subalterne a réussi à obtenir plusieurs EPPZ et qu'il les a utilisés pour alimenter un formidable nouveau vaisseau ruche. Il presse alors Woolsey d'attaquer et détruire ce vaisseau avant qu'il ne devienne une menace. Mais ce nouveau vaisseau prouve qu'il est un très puissant adversaire, paralysant le Dédale avant de faire un soudain et inexplicable saut en hyperespace. Perplexe devant ce départ soudain des Wraith, l'équipe découvre un faible signal subspatial Wraith. En l'analysant, McKay remarque vite que ce message a été envoyé, à travers le sous-espace, d'une autre réalité. Une fois déchiffré, leurs pires craintes se concrétisent. Le message Wraith contient les coordonnées de la Terre !
Quand un autre corps est découvert dans le désert bordant la ville de Las Vegas, l'enquête est confiée au détective John Sheppard. Malgré sa longue expérience de ce genre d'affaires, Sheppard éprouve des difficultés pour résoudre cette affaire, étant confronté à un nouveau type de meurtrier : un Wraith !
Jennifer Keller est contrôlée par une conscience alien, une femme rusée et manipulatrice répondant au nom de Neeva. L'équipe découvre que Neeva et Keller ont échangé de corps, utilisant une technologie cachée sur un autre monde.
Le rétrovirus proposé par le Dr Keller à Todd, entraîne de graves effets secondaires aux Wraiths qui meurent un par un, Todd contaminé se met en stase afin de stopper l'infection, et fait dirigé son vaisseau ruche vers Atlantis pour requérir l'aide des humains.
Sheppard a été enlevé et Woolsey fait la connaissance d'une mystérieuse docteur Conrad, l'expédition fait une découverte choquante sur la nature d'une ancienne race ayant vécue sur cette planète.
Rodney Mc Kay est invité à une présentation scientifique de grande importance qu'effectue son rival à l'époque où il était encore étudiant. Accompagné du docteur Jennifer Keller qu'il fait passer pour sa petite amie, McKay se rend sur Terre pour assister à la présentation de son rival. Mais les choses ne se passent pas comme prévues une fois arrivée.
Michael et ses hybrides ont réussi à s'emparer de la salle de contrôle d'Atlantis, ce dernier active un champ de protection empêchant quiconque d'atteindre la salle de la porte des étoiles. Il souhaite à tout prix récupérer le bébé de Teyla avant d'enclencher l'autodestruction de la cité.
L'équipe de Sheppard part négocier avec une coalition de peuples humains de la galaxie de Pégase. En vérité, ce n'était qu'un prétexte pour attirer les terriens à leur propre procès. Ils sont notamment accusés d'avoir "créé" Michael et doivent s'expliquer sur la drogue Hoffan qui a fait des ravages sur de nombreux mondes. Woolsey doit se rendre lui-même sur la planète afin de négocier.
Sheppard et son équipe doivent évacuer des survivants de l'empoisonnement à la drogue Hoffan avant qu'ils ne soient exterminés par les Wraiths.
Mckay et Daniel Jackson se retrouvent dans un entrepôt appartenant à Janus. Là , ils ont fait la rencontre d'un Asgard qui a pour but d'éliminer les Wraiths de la galaxie. Ce dernier active l'arme de Janus malgré les oppositions de Daniel. L'Asgard sait que son espèce se meurt, et estime qu'ils ne leur restent pas assez de temps pour travailler sur une autre option.
L'équipe se rend sur un monde récemment visité par les Wraiths, mais ils doivent rapidement secourir le Dr Keller qui s'est fait kidnapper par un "runner" : la proie des Wraiths.
Daniel Jackson revient sur Atlantis pour faire quelques recherches sur Janus, un scientifique Ancien qui pourrait avoir crée une arme capable de détruire les Wraiths.
Afin de répandre le rétrovirus du docteur Keller sur les Wraiths, Todd demande à Teyla de se faire passer pour la reine de l'Alliance Wraith.
Sheppard et le docteur Beckett rejoignent une équipe d'exploration composée uniquement de femmes qui a découvert un laboratoire Wraith.
En pleine mission Ronon est fait prisonnier par un ancien membre de son peuple qui le livre aux Wraiths, il est alors torturé et sous l'effet d'une enzyme qui le fait agir contre Atlantis. Mais l'équipe de Sheppard veut tout tenter pour le récupérer...
Dans l'orbite d'Atlantis, un vaisseau en tout point identique au Dédale, mais totalement abandonné, apparait inexplicablement. Sheppard et le reste de son équipe mènent l'enquête sur cet étrange phénomène, mais après être montés à bord, un pic d'énergie se produit. En analysant les instruments de bords, Rodney remarque vite que la cité d'Atlantis a disparu, alors que le vaisseau n'a pas bougé... En réalité, le vaisseau se déplace aléatoirement dans des dimensions parallèles. L'équipe doit alors tout faire pour revenir rapidement dans notre dimension avant que le vaisseau n'explose.
Rodney McKay perd très rapidement la mémoire et retourne à un état enfantin. Son état a été diagnostiqué trop tard pour le soigner mais Ronon pourrait bien avoir la réponse qui le sauvera.
Un groupe survivant d'Asuran tente de faire l'ascension entraînant quelques problèmes et le Dr Weir utilise Fran pour communiquer avec Atlantis.
Lors d'une mission interplanétaire, Sheppard est victime d'un cristal quasi similaire à celui que Jack O'Neill avait touché dans la saison 1 à la différence que la forme de vie présente dans ce minéral profite de posséder Sheppard et de s'immiscer dans les rêves de l'expédition d'Atlantis afin de se nourrir de leur peur dont elle est très friande.
Le docteur Keller est victime d'une maladie contractée durant le sauvetage des survivants (voir épisode précédent). Parallèlement, avec les informations collectées dans la base de Michael, le sérum dont avait besoin Carson pour survivre est resynthétisé et ce dernier est libéré de sa stase.
Carter lance une opération de secours pour retrouver l'équipe enfouie sous les décombres de la base de Michael. Pendant ce temps, celui-ci apprenant que sa base s'est auto-détruite, se rend sur place avec un vaisseau ruche et envoie ses hybrides pour capturer les survivants. Cependant, l'arrivée du Dédale pourrait bien nuire à son plan.
Sheppard retourne sur Atlantis après une mission et trouve la cité abandonnée et tous les systèmes éteints. À la place de l'océan, Atlantis se trouve entourée de dunes de sable à perte de vue. Au cours de son exploration, il trouve un hologramme du Dr McKay qui lui explique la situation.
Le Carson Beckett ramené par Sheppard se révèle, après les analyses du docteur Keller, être un clone issu des expériences menées par Michael. Ce dernier, possèdant le raisonnement et les souvenirs de l'original est, bien malgré lui, à l'origine de la nouvelle souche du médicament Hoffan. Quoiqu'il en soit, il est bien déterminé à réintégrer Atlantis et à mettre fin aux actions de Michael.
L'équipe d'Atlantis est contrainte de faire équipe avec les Wraith afin d'éliminer les Asuran une bonne fois pour toutes. Les vaisseaux de Larrin se joignent à eux pour cet affrontement inédit et impensable.
Les Asuran partageant les idées de Niam recréent des doubles de Sheppard, McKay, Weir, Teyla et Ronon afin d'observer pourquoi ils n'arrivent pas à atteindre l'Ascension.
Peu après un échanges de mails entre Rodney McKay et sa soeur concernant le programme des nanites, cette dernière - toujours sur Terre - est kidnappée par une équipe de commandos. McKay décide de participer à l'enquête sur Terre et reçoit l'aide de l'agent Barret pour retrouver les kidnappeurs. Sheppard et Ronon se joignent également aux recherches.
Lors d'une visite sur un monde avec lequel l'équipe de Sheppard avait précédemment créé un lien commercial, Sheppard et McKay doivent entreprendre un pèlerinage afin de protéger la future reine et l'avenir de leurs relations diplomatiques avec ce monde.
À cause d'une anomalie atmosphérique dûe à la nouvelle planète, le système de confinement s'enclenche automatiquement croyant à une épidémie dans Atlantis. Face à ces mesures de sécurité maximales, tous les habitants de la Cité se retrouvent donc pris au piège, sans moyen de communication.
L'équipe d'Atlantis découvre un complexe secret Wraith où elle découvre comment les Wraith ont battu les Anciens.
Teal'c se rend sur Atlantis pour conseiller l'impétueux Ronon en vue de l'interview que le CSI veut lui faire passer. Les deux doivent collaborer lorsque les Wraith envahissent la station spatiale intermédiaire dans le but d'envahir la Terre...
Lors d'une mission diplomatique sur une planète minière au sous-sol instable, McKay, Carter et le docteur Keller tombent dans une chambre condamnée sur le point de s'effondrer.
Alors que Sheppard - accompagné de Ronon - est de retour sur Terre pour les obsèques de son père, il est contacté par Ava Daxon, une scientifique ayant travaillé sur un Asuran créé dans un laboratoire terrien... et qui a pris la poudre d'escampette.
En recherchant les Athosiens, l'équipe rencontre un homme aux capacités prophétiques extraordinaires qui leur fait une sombre prédiction sur l'avenir d'Atlantis. Atlantis apprend également que les Asuran ont décidé d'éradiquer les Wraith en les privant de source de nourriture... donc en eradiquant les humains.
Une "nouvelle" épidémie se répand et tue environ 30% de la population des planètes qu'elle contamine. Cependant, il n'existe aucun lien entre elles car l'épidémie frappe au hasard ce qui laisse à penser que la propagation ne suit pas une voie naturelle. Il semblerait que cette épidémie provienne d'une souche "améliorée" du médicament Hoffan. Parallèlement, Teyla est capturée par Michael tandis que l'équipe chargée de la secourir fait une connaissance inattendue.
Ronon retrouve d'anciens compagnons d'armes qu'ils croyaient morts sur Sateda. Alors que ces amis sollicitent de l'aide à Atlantis pour attaquer un repère Wraith, Ronon se demande s'il désire demeurer sur Atlantis ou rejoindre ses compagnons. Mais la mission ne se déroulera pas exactement selon le plan prévu.
Ayant remédié temporairement au problème d'énergie de la cité, l'expédition d'Atlantis se prépare à une mission risquée pour récupérer un ZPM au coeur de la planète mère des Asurans.
À la dérive dans l'espace, coincée dans la cité d'Atlantis, l'expédition tente par tous les moyens de rejoindre leur nouveau monde avant qu'il ne soit trop tard.
Lors d'une visite sur le nouveau campement Athosien, Teyla et le Docteur Keller se retrouvent poursuivies par une tribu primitive de guerriers.
Lorsqu'un virus cause l'amnésie de chacun excepté de Teyla et Ronon, les membres d'Atlantis doivent travailler ensemble pour trouver un remède avant que leur mémoire ne s'efface entièrement.
Le Colonel Sheppard est capturé par les habitants d'un vaisseau de guerre. Larrin, leur commandante souhaite employer sa capacité à utiliser la technologie des Anciens pour arriver à réparer un vaisseau de guerre Ancien.
Le Colonel Abe Ellis arrive à Atlantis dans un nouveau vaisseau, l'Apollo, et avec une nouvelle mission. Le docteur Weir redoute cette opération qui risquerait de déclencher une guerre contre un ennemi très puissant. Quand la mission prend un mauvais tournant, Weir doit trouver une solution pour sauver Atlantis
Alors que la cité est paisible et que tout le monde vaque à ses occupations, une explosion retentit, faisant de nombreux dégâts. L'origine serait une tumeur explosive et Beckett compte tout faire pour qu'il n'y ait pas d'autre victime... en négligeant sa propre sécurité.
L'équipe Atlantis découvre les derniers survivants d'une civilisation placés en état de stase dans une station spatiale. Mais lorsqu'un des scientifiques est réveillé par l'équipe Atlantis, les problèmes du passé ressurgissent et risquent de mettre en danger la vie de tous ceux qui se trouvent à bord de la station
L'équipe Atlantis part à la recherche d'une source d'énergie dans l'océan de Lantea. L'exploration de la station géothermale commence, mais Teyla détecte la présence d'un Wraith.
L'équipe Atlantis remarque qu'elle n'a pas eu de nouvelles des Taraniens depuis très longtemps et décide d'enquêter. Mais les Taraniens ont disparu de leur village. Servant de cobayes pour d'étranges expériences, certains semblent avoir été victimes de l'insecte Iratus...
Pour passer le temps, Sheppard et McKay s'affrontent au cours d'un jeu de stratégie en temps réel qu'ils ont découvert sur Atlantis. Mais, à leur grande surprise, ils apprennent que ce jeu a une véritable influence sur les habitants de deux villes d'une autre planète. Il faut désormais mettre fin à la guerre qui a débuté entre les deux cités concurrentes... Une mission diplomatique plus délicate qu'il n'y paraît...
Quand Sheppard et son équipe entendent parler des exploits d'un grand guerrier, ils entreprennent de le retrouver dans l'espoir d'en faire un nouvel allié. Contre toute attente, leurs recherches vont les amener à recroiser deux vieilles connaissances...
Alors qu'il coupe l'énergie de certains systèmes d'Atlantis, McKay est frappé par un rayon émis par un mystérieux appareil. Il s'aperçoit qu'il détient à présent des super-pouvoirs. Mais sa joie est de courte durée : les effets de sa mutation pourraient lui être mortels. L'équipe doit trouver un moyen pour sauver McKay avant qu'il ne soit trop tard...
Lorsque des baleines de Lantea se regroupent autour de la ville, les habitants d'Atlantis sont victimes de symptômes inquiétants. De son côté, Teyla a des visions dans lesquelles les Anciens, récemment massacrés par les Réplicateurs, semblent essayer de la prévenir d'un danger. Dès lors, une question se pose : les baleines sont-elles ici pour entrer en contact avec les habitants ou pour les attaquer ?
L'équipe doit libérer O'Neill et Woolsey, tous deux prisonniers des Asuran occupant Atlantis.
En explorant une planète inconnue, Ronon a un mauvais pressentiment. L'équipage ne tarde pas à découvrir un petit village dont les habitants, terrorisés par ces nouveaux arrivants, ouvrent le feu, blessant McKay. Les membres de l'expédition retournent alors à la Porte des étoiles, mais seul Ronon arrive à passer de l'autre côté, abandonnant ses coéquipiers sur la planète...
La mission de Jack O'Neill pour défendre Atlantis échoue lorsque Richard Woolsey et luimême sont faits prisonniers pendant un assaut des Réplicateurs. L'équipe de Sheppard, le Docteur Weir et le Docteur Carson volent un jumper et partent pour la galaxie Pégase dans l'espoir de les sauver. Mais parviendront-ils à reprendre Atlantis ?
Le docteur Weir accompagne Sheppard et son équipe en mission sur une planète dont la civilisation ressemble à s'y méprendre à celle des Anciens. Enthousiasmés par cette découverte, ils tentent de former une alliance avec ce nouveau peuple : les Asurans...
Le docteur Weir se réveille dans un institut psychiatrique. Les médecins lui expliquent que tout ce qu'elle sait sur le programme de la Porte des étoiles et d'Atlantis n'est autre que le fruit de son imagination. Mais très vite, Weir se rend compte qu'elle est bien loin d'être folle.
Kolya, un ancien ennemi Genii d'Atlantis, capture Sheppard. Il souhaite s'en servir comme monnaie d'échange pour traiter avec Atlantis et récupérer les technologies qui l'intéresse. Pour cela il choisit d'envoyer une vidéo à Weir où l'on voit Sheppard torturé par un Wraith.
L'équipe du colonel Sheppard explore un village, dont les habitants semblent mener une vie tranquille et insouciante. Leur chef, Lucius, un homme charismatique et respecté par sa congrégation, propose de créer une alliance avec Atlantis afin d'échanger les précieux remèdes médicinaux qu'il a conçus contre certaines technologies d'Atlantis...
Le Dédale remporte tant bien que mal la bataille contre les vaisseaux ruches et Sheppard échappe de justesse à la mort. Il décide de partir libérer McKay et Ronon, qui sont emprisonnés par les Wraith. De son côté, Weir met en place un plan d'attaque pour empêcher les vaisseaux ruches d'arriver sur Terre...
Après s'être emparés du vaisseau ruche Wraith, Sheppard et son équipe se sont échappés et ont regagné Atlantis. Alors que Weir présente au groupe l'homme qui l'accompagne pour évaluer son travail à la tête de l'expédition, les membres d'Atlantis doivent déterminer le sort des Wraith que Beckett a humanisés...
Sheppard informe la base que l'équipe du Major Leonard n'a pas fait son rapport comme il était convenu. En se rendant sur la planète où l'équipe a disparu, Sheppard découvre qu'ils ont du faire face à des Genii, qui n'ont pas survécu à la bataille.
Rodney est de retour sur Terre pour demander à sa soeur Jeannie, une brillante scientifique qui a abandonné sa carrière pour une vie de famille paisible, de joindre le SGC pour les aider à résoudre un problème délicat.
Un vaisseau-ruche Wraith entre en contact avec Atlantis et scelle une alliance avec Weir. En guerre civile, un groupe de rebelles souhaite inoculer le rétrovirus de Beckett à ses ennemis. Mais au cours d'un essai, les membres d'Atlantis tombent dans un piège et comprennent que l'alliance était une ruse...
Sheppard et son équipe se rendent sur la planète Taranis afin de réparer le bouclier de protection. McKay réalise rapidement que le générateur puise son énergie dans un volcan. Trop sollicité par les habitants, le volcan ne tarde pas à entrer en éruption et menace d'exterminer la moitié du continent...
Le lieutenant Michael Kenmore se réveille à l'infirmerie d'Atlantis, complètement amnésique. En consultant les dossiers du docteur Beckett, il apprend qu'il est en réalité un Wraith et qu'il sert de cobaye afin d'expérimenter un sérum destiné à humaniser les Wraith. Il s'échappe et prend Teyla en otage...
Ladon Radim, un ennemi appartenant aux Genii, propose à Weir un marché afin de provoquer un coup d'état. Méfiante, Weir charge Sheppard et McKay de vérifier les propos de Ladon. Sur place, ils tombent dans un piège et comprennent que tous les prisonniers ont un point commun : le gène des Anciens...
Sheppard et son équipe explorent une planète et découvrent avec stupeur qu'il s'agit d'une réplique d'Atlantis dont les dirigeants sont dotés du gène des Anciens. Les paysans sont contraints de donner la moitié de leur récolte à leur roi qui, en échange, leur assure une protection contre les Wraith...
Deux objets sont découverts, flottant dans l'espace, ramenés sur Atlantis, ils s'avèrent être deux caissons de survie contenant un couple. Beckett conclut, un peu trop vite, qu'ils sont tous deux morts. En fait, les naufragés parviennent à tromper la vigilance de Weir et Sheppard. Ils s'emparent de leurs corps et les utilisent pour terminer leur lutte sans merci, prêts à aller jusqu'à la mort...
McKay est à bord d'un jumper que Zelenka vient de réparer. Il ne peut cependant pas empêcher le vaisseau de s'écraser dans l'océan. Pris de panique, il tente de trouver un moyen de remonter à la surface rapidement. En état de choc, il imagine que le docteur Carter est venu pour le secourir...
Sur Terre, le général Landry apprend qu'une bombe a été placée sur Atlantis. Toute activation de la Porte des étoiles afin de communiquer avec la Terre suffirait à la déclencher. Le docteur Weir décide de couper la principale source d'énergie de la cité. A présent, Atlantis est à nouveau visible des Wraith...
McKay tente de prévenir le docteur Weir du danger encouru par Sheppard, Teyla et Ronon, qui, sur les ordres de Ford, sont partis saboter un vaisseau Wraith.
Sheppard est pris au piège dans un monde où le temps passe beaucoup plus vite. Deux autochtones lui apprennent que cet espace a été créé par les Anciens et que l'unique moyen d'en sortir est d'effectuer l'Ascension. L'équipe SG tente de lui venir en aide avant qu'il ne meure de vieillesse...
Le lieutenant Ford, réfugié sur une planète où il est devenu le chef d'une équipe de super soldats dopés à l'enzyme Wraith, force Sheppard et son équipe à participer au sabordage d'un vaisseau ruche ennemi.
Sheppard et son équipe se rendent sur l'Aurore, un puissant vaisseau de guerre Ancien. Sur place, ils constatent que l'équipage est maintenu artificiellement en vie depuis des milliers d'années et qu'ils sont sans doute capables de communiquer entre eux. Sheppard entre dans leur monde virtuel...
Sheppard et son équipe découvrent un peuple terrorisé depuis qu'un vaisseau Wraith s'est écrasé sur leur sol et que l'unique survivant part en chasse toutes les nuits. Sheppard et Teila font la connaissance de Zaddik. Celui-ci a recueilli une jeune Wraith, Ellia, qu'il considère comme sa fille...
Sheppard se transforme progressivement en Wraith après avoir été attaqué par une créature. Il se montre de plus en plus agressif et présente des transformations physiques inquiétantes. En dépit des efforts du docteur Carson et de toute l'équipe, le processus de mutation semble irréversible...
Lors d'une exploration de routine, dans un cimetière de vaisseaux Wraith, un avant-post de l'armée des Anciens est découvert, avec à bord la plus puissante source d'énergie jamais égalée. Son activation est un cuisant échec mais McKay s'obstine en prenant de grands risques. Pendant ce temps, Ronon Dex apprend qu'une infime partie de son peuple a survécu à l'attaque Wraith, notamment son ancien chef militaire.
En s'écrasant sur une planète laissée étonnement indemne par les Wraith, l'équipe de Sheppard découvre une île pénitentiaire à proximité de la porte de étoiles où finalement l'ennemi opère ses sélections en toute quiétude parmi les rebus de la cité Olésianne. Sans nouvelle de son contingent, Weir part à la rencontre du dirigeant du peuple, Le Juge.
Le major Lorne et son équipe découvrent le cadavre d'un Wraith. La façon dont il a été abattu leur suggère que Ford pourrait être l'auteur du crime. Sheppard et Teyla, partis à la recherche de leur équipier, se font attaquer par surprise. McKay retrouve Ford et constate qu'il est doté d'étranges pouvoirs...
En exploration sur une planète, le docteur Mckay et le lieutenant Laura Cadman se font aspirer dans un vaisseau Wraith que l'équipe de Sheppard s'empresse d'abattre. Retenus tous deux prisonniers dans le système de l'appareil, Zelenka parvient seulement à rematérialiser McKay. Cadman, ayant été transférée dans l'esprit du docteur, prend ensuite le contrôle de son corps à son insu. Une expérience de vie insolite et dangereuse pour les deux...
La bataille fait rage sur Atlantis. Alors que le major Sheppard et son équipe sont en mauvaise posture, le Dédale, un vaisseau très performant venu de la Terre, leur porte secours. Mais leur répit est de courte durée. Les Wraith préparent une nouvelle attaque, beaucoup plus importante que la précédente...
Le docteur Weir, MacKay et Sheppard ont quitté la Terre et font route vers Atlantis à bord du Dédale. Alors qu'ils traversent la galaxie de Pégase, deux scientifiques meurent électrocutés. Avec l'aide d'Hermiod, un Asgard, McKay découvre qu'un virus Wraith a infesté leur système informatique...
Les Wraith mettent le cap sur Atlantis dans le but de rallier la Terre, planète d'abondance. Pour les arrêter, il faut soit remettre en marche le bouclier de la cité, ce qui est impossible, soit détruire la cité, ce qui est impensable, soit utiliser le satellite Lagrange stationné à proximité pour tirer sur la flotte ennemi. Une mission de réparation du satellite est conduite par Rodney, qui réussit à abattre un vaisseau-mère avant de se faire détruire avec Peter Godin à bord. Un programme d'auto-destruction de la base et des savoirs est enclenché par Zelenka ; malheureusement, les données des anciens ne peuvent être sauvegardées en intégralité pour la postérité. Pendant ce temps, Weir sonde l'espace pour trouver une planète d'évacuation quand soudain, Bates est s�
Un contingent militaire provenant de la Terre est envoyé pour prendre les commandes d'Atlantis et défendre la cité de l'attaque imminente des Wraith. Un combat de longue haleine engage les forces militaires commandées par le Colonel Everett, qui exige du docteur Weir et de sa flotte une entière obéissance. Ce tour de force est mal vécue par le contingent d'Atlantis et notamment par le major Sheppard, qu'Everett tient pour responsable de la mort de son supérieur. Dans un climat de guerre, les relations tendues entre les différentes hiérarchies n'arrangent pas la coordination des opérations.
Teyla est en proie à des cauchemars récurrents. Après avoir consulté, sur le conseil de Sheppard, le psy de la station, elle se rend sur le continent, accompagnée de Carson, pour voir sa grand-mère. Celle-ci lui révèle alors le secret de ses origines : elle est le fruit d'expériences menées par les Wraith...
Les Wraith doivent accoster sur Atlantis dans moins de deux semaines. Il n'y a plus d'espoir, sauf à tenter de récupérer un E2PZ sur la planète M7G677, située sur le parcours de la flotte ennemie. Cette arme est la seule qui puisse encore sauver Atlantis et l'humanité. Sheppard se lance à sa recherche...
Durant une inspection de routine sur Atlantis, un groupe sous le commandement du docteur McKay lance une alerte. En effet, plusieurs membres de l'expédition sont morts d'une rupture d'anévrisme. Mais ces décès ne paraissent pas naturels au docteur, et l'ordre est donné de mettre Atlantis en quarantaine...
L'équipe de Sheppard, assaillie par des tirs émanant de chasseurs Wraith, est sauvée de justesse par un mystérieux champ énergétique. L'équipe suit le phénomène jusqu'à une planète inconnue, Proculis, sur laquelle elle atterrit. Sur place, l'équipage découvre un monde proche de celui des humains...
Lors de l'inspection d'Atlantis, Sheppard, Ford et Teyla découvrent une femme en état de stase depuis 10 000 ans. A son réveil, l'équipe découvre que l'Atlante congelée est le docteur Weir ! Suite au premier débarquement raté et à l'évacuation forcée d'Atlantis, Weir s'est échappée en ignorant se trouver à bord d'une machine à voyage dans le temps. Elle s'est ensuite réveillée cent siècles plus tôt dans la même cité occupée par les Atlantes...
Sheppard, Ford et Teyla accompagnent McKay sur la planète Dagan, où les Anciens auraient chargé des religieux de veiller sur un générateur d'énergie. Cet unique exemplaire aurait la capacité de restaurer le bouclier de protection d'Atlantis. L'équipe fouille le temple, aidée par Allina et Sanir...
Sheppard et son équipe, McKay, Abrams et Gaul, découvrent et explorent un vaisseau Wraith abandonné, datant de la bataille des Anciens. Ils captent un faible signal de détresse en provenance d'une planète proche, sur laquelle ils se posent. Sur place, ils découvrent un vaisseau de ravitaillement Wraith, entouré de cadavres...
McKay, Weir et le personnel d'Atlantis sont toujours les prisonniers des Genii, alors que seul Sheppard leur échappe encore et que Tayla, Ford et Carson sont toujours bloqués sur le continent. Pendant ce temps, la tempête s'intensifie, et McKay continue de chercher un moyen d'alimenter les boucliers alors qu'Atlantis est de plus en plus menacée...
Manquant de nourriture, l'équipe veut en acheter aux Jed-nyts, un peuple de simples fermiers, semble-t-il. Mais en contrepartie, ceux-ci réclament du C4. Sheppard et McKay découvrent que les braves cultivateurs préparent en secret une arme mortelle pour attaquer les Wraith...
Une expédition est menée sur une planète de la constellation Pégase. Rodney estime que cette planète possède probablement une énergie suffisante pour créer un vortex vers la Terre. Une équipe se rend sur les lieux pour tenter l'expérience. Le docteur Weir fait partie de l'expédition, qui s'avère un succès...
Les Ophants, peuple humain aux grandes compétences médicales, ont développé un sérum qui pourrait rendre résistant à l'absorption vitale des Wraith. Avec l'aide de Beckett, les tests en laboratoire sont concluants, mais les Ophants exigent de le tester sur le Wraith prisonnier à Atlantis...
Une énorme tempête arrive sur Atlantis. Sheppard et Ford vont sur une autre planète pour négocier l'évacuation d'Atlantis, pendant que McKay et Zelenka cherchent un moyen d'alimenter le bouclier protégeant Atlantis. Cependant, les Genii ont appris que Atlantis allait être vulnérable...
Le Major Sheppard et son équipe visitent un monde et y détectent une source d'énergie, avant de s'écraser et de se rendre compte que leurs appareils ne fonctionnent plus. Ils font ensuite la rencontre des habitants de cette planète, qui se plient à un sacrifice suicidaire pour dissuader les Wraiths de venir sur leur planète. McKay découvre alors l'existence d'un champ magnétique...
Les expéditions sur différentes planètes ont été marquées par des affrontements avec les Wraiths. L'équipe terrienne en vient à soupçonner la présence d'un traître dans ses rangs. Le docteur Weir décide d'interroger les Athosiens. Pendant ce temps, McKay et Zelenka ouvrent le toit d'Atlantis...
Alors que le docteur Rodney McKay se porte volontaire pour mener à bien une expérience génétique aux résultats incertains, une intrusion extraterrestre, passant d'abord inaperçue, menace directement la base. Mais McKay actionne involontairement un artefact ancestral qui le rend invulnérable...
La première mission du major John Sheppard est un échec. Répondant à la menace extraterrestre, il a engagé la navette dans la Porte des étoiles mais son équipage et lui sont restés coincés dans le vortex. Il leur reste 38 minutes pour se dégager avant la fermeture automatique de la porte...
Le Major Sheppard arrivant peu à peu à maîtriser les vaisseaux des Anciens, une mission de sauvetage est organisée pour secourir les prisonniers faits par les Wraiths. Sur Atlantis, McKay continue de découvrir peu à peu la citée...
Alors que le Dr Weir et son équipe mènent des recherches au sein de l'avant-poste en Antarctique, Daniel Jackson découvre l'adresse d'Atlantis, la cité perdue, dans la galaxie Pegasus. Une expédition est alors envoyée sur Atlantis, qui une fois arrivée, découvre la citée s'animer peu à peu. Le Dr Weir envoie une équipe en reconnaissance sur une planète de la galaxie. Sur place, ils rencontrent un peuple mené par Teyla...
Robert C. Cooper
Producteur
Brad Wright
Scénariste
Martin Gero
Scénariste
Mark Dacascos
Guest star
Joe Flanigan
Acteur
David Hewlett
Acteur
Rachel Luttrell
Actrice
Joel Goldsmith
Musicien
Jason Momoa
Acteur
Christopher Heyerdahl
Voix Off VO
Trevor Devall
Voix Off VO
Connor Trinneer
Voix Off VO
N. John Smith
Producteur
Jennifer Johnson
Producteur
John G. Lenic
Producteur
Damian Kindler
Scénariste
Alan Brennert
Scénariste
Treena Hancock
Scénariste
Melissa R. Byer
Scénariste