Victime d’une mystérieuse organisation d’hommes en noir qui l’ont empoisonné et l’ont ainsi fait redevenir un enfant, un adolescent se retrouve contraint de retourner à l’école primaire.
Un beau jour, le jeune lycéen Shinichi Kudo résout brillamment une affaire de meurtre commis dans un manoir. Il est un détective de renom qui a su gagner le respect de l'inspecteur Megure. Le lendemain, il visite un parc d'attractions avec Ran, son amie d'enfance. Mais un meurtre est commis dans les montagnes russes qu'ils avaient décidé d'emprunter.
Alors que Conan, Ran, Sonoko et Kogoro se rendent à Tropical Land pour assister à des feux d'artifice, Sonoko, qui s'était éclipsée aux toilettes, découvre le cadavre de Chizu sauvagement assassiné par balles.
Chizu Itami a été tuée par balle dans les toilettes d'une patinoire. Conan découvre que son amie Narita, qui appartenait au même club, est morte accidentellement 6 mois plus tôt lorsqu'un coup est parti de son arme. En revenant sur les lieux du crime, il remarque des éraflures sur le sol du couloir qui mènent directement à une tâche de sang aux pieds de Chizu.
Le Dr Araide, qui dirige l'hôpital du même nom, a perdu la vie à la suite d’une électrocution qui semble, à première vue, accidentelle. L'inspecteur Megure a pourtant des doutes et il décide d'interroger chacune des personnes présentes tout en vérifiant l'alibi téléphonique de Yoko. De son côté, Conan découvre une poterie tâchée de sang, ainsi que des débris d'assiettes dans le placard d'Hikaru.
Conan tombe par mégarde sur le braquage d'une banque. Les deux malfrats qui ont attaqué le vigile se sont enfuis dans une voiture avec l'argent. Bien que Conan les poursuive avec son skateboard, il perd bien vite leur trace. Le braquage semble tout à fait banal, mais quelques points inhabituels font penser à Conan que l'affaire est bien plus grave qu'il n'y parait ... et ses doutes semblent fondés.
Kogoro demande à sa famille de l'accompagner pour récupérer ses bilans de santé. Le Dr Araide explique à Kogoro les résultats du bilan de santé et le médecin l'invite, ainsi que sa famille, à dîner chez lui. Alors que le docteur se faisait attendre, une coupure d'électricité a été fatale à Araide, retrouvé mort, victime d'une électrocution dans sa baignoire.
Conan, Ran et Kogoro sont en route pour un nouveau parc d'attractions appelé Dolphin Land. Ils rencontrent trois beautés sur la plate-forme du monorail qu'ils sont sur le point d'emprunter. Les trois filles vont rejoindre leur amie Fujimura. Lorsqu'ils arrivent à l'hôtel, ils apprennent que Fujimura a été tuée dans sa chambre.
" Itoe, je vais révéler ta véritable identité sur scène ! " Voici le contenu du message écrit par Tamanosuke. Se pourrait-il qu'en essayant de le tuer, Itoe se soit retrouvé prise à son propre piège ? Conan, qui enquête sur l'affaire, en déduit que lors du meurtre d'Itoe, une troisième personne devait se trouver sur les lieux.
Ai et Mitsuhiko, qui viennent dans les montagnes pour cueillir des champignons, trouvent le corps d'un chasseur tué par balle. Les enfants se font tirer dessus par le tueur et s'enfuient de la scène de crime. Conan part à leur recherche en compagnie de trois chasseurs. Il s’avère pourtant que le coupable se trouve parmi eux !
Après l’institutrice, Sonoko est à son tour assommée. Les deux femmes portent une inscription sur la main faite avec du rouge à lèvres.
Un charmant jeune homme débarque à l'école de Ran. Il dirige la deuxième génération de la troupe de théâtre Tamanosuke et invite Ran et Sonoko à assister aux répétitions. Conan, Ayumi, Genta et Mitsuhiko finissent par les accompagner. Mais la troupe de théâtre Tamanosuke rencontre quelques problèmes. Tamanosuke tient absolument à ce que la troupe monte une nouvelle pièce, alors qu'il ne reste plus que 5 jours avant la première et que le scénario n'est toujours pas prêt.
Conan, Ran et Kogoro ont été invités par Masato Hayashi à voir un spectacle. La vedette, Michiko Osawa se noie dans l'aquarium pendant le spectacle. Une compresse mouillée est retrouvée sur sa jambe et on en conclu qu'elle a dû se noyer à la suite d’une douleur. Conan a du mal à croire qu'elle serait du genre à se produire avec une jambe compressée et décide de mener sa propre enquête.
Bien qu'Hiraoka ait fait chanter Ishimoto, c'est Takada qu'il a assassiné. Peut-être que ce dernier était la véritable cible et non pas Ishimoto. Se pourrait-il que Hiraoka ait été engagé juste pour faire office de meurtrier? Conan commence à ébaucher ses hypothèses.
Conan et ses jeunes amis vont à la montagne pour cueillir des champignons. Genta s’éloigne du groupe et se perd dans une zone de la forêt réservée à la chasse aux ours. En le cherchant, Ai et Mitsuhiko tombent sur le corps d'un chasseur, tué par balle.
Sonoko, Ran et Conan sont en montagne pour y faire du ski. Ils y rencontrent une ancienne institutrice et ses collègues avec qui ils vont passer la soirée. Avant que le dîner soit préparé, l'institutrice est retrouvée inconsciente dans sa chambre par Sonoko.
Le stratagème utilisé pour tuer Nobuzaku devait faire croire à la malédiction de la "Reine des Araignées". Mais les raisons qui ont poussé Misa et sa mère au suicide sont liées à une triste histoire de naissance dans la famille Takeda. Il y a donc un véritable meurtrier qui rôde.
La police se précipite sur la scène du crime et commence à interroger toutes les personnes présentes. Lorsque le corps de Ryozo a été retrouvé, tout le monde se trouvait dans le bâtiment principal. Le seul moyen d'accéder au salon de thé, situé au centre de l'étang, est de traverser le pont, visible depuis la chambre d'hôtes. Tous les suspects ont un mobile valable, mais aussi un alibi !
Kogorô doit rester encore quelque temps à l'hôpital, après s'être fracturé la jambe au cours d'une arrestation. Il aperçoit de sa fenêtre un homme en poignarder un autre, plusieurs nuits d'affilée. Mais à chaque fois qu'il se rend sur place, ni victime ni arme sont présentes sur les lieux.
Ran et Sonoko, se rendent à la fête d'un groupe de rock du nom de « Rex ». Alors que le chanteur, Tatsuya, finit d'interpréter une chanson, il s'arrête pour cracher son sang et meurt. Comme du cyanure, qui a causé sa mort, a été retrouvé dans son véhicule, la police conclut au suicide. Mais Conan parvient à tirer l'histoire au clair en observant les photos des membres de l'ancien groupe.
Kazuha est agressée avec un fusil hypodermique dans l’entrepôt. On l'entoure de ficelle et elle est sur le point d'être suspendue lorsque Conan et Heiji viennent la sauver en courant. Le meurtrier s'enfui mais Conan et Heiji ont déjà compris que le meurtrier de Nobukazu et l'agresseur de Kazuha ne font qu'une seule et même personne.
Conan découvre la cache et tout le monde finit par être pris au piège ! Les kidnappeurs les enferment tous, puis mettent le feu au bâtiment avant de s'enfuir. Noyé dans la fumée, Conan est sur le point de perdre connaissance lorsqu'une idée lumineuse lui traverse l'esprit.
Kogoro est invité à une fête. Comme il n'a pas vraiment le choix, il décide de s'y rendre en compagnie de Conan et de Ran. Une fois sur place, Il fait la connaissance de la secrétaire général Sachiko Tanaka qui lui demande de protéger Ishimoto, le président de son entreprise, victime d'un chantage dont le commanditaire veut attenter à sa vie.
Conan, Hattori, Ryuji, Yuzo et Miyuki ont été invités à se rendre chez les Takeda pour résoudre le mystère qui entoure la mort de la femme et de la fille de Takeda. Une fois sur place, ils retrouvent Nobukazu suspendu au plafond du deuxième étage, le corps enroulé dans une corde comme si une araignée l'avait pris au piège.
Kogoro, Ran et Conan se rendent à une cérémonie du thé dans la résidence de Ryozo Aonogi. Un magnifique lac qui reflète cinq couleurs différentes se trouve au milieu du jardin, près de la salle de cérémonie. Une légende raconte qu'un monstre habite ce lac et que quiconque tente de remodeler ou de raser le salon de thé finit par se suicider.
Suite à l'enquête de l'Inspecteur Megure et au raisonnement de Kogoro, on conclut au suicide de Mina Aoshima, une jeune fille retrouvée dans sa salle de bain fermée avec les poignets ouverts. Conan est pourtant persuadé que c'est Masayo, la sœur aînée de Mina, qui a commis le meurtre.
Aki Asano, une célèbre présentatrice météo, a été enlevée. Alors qu'il vient la voir à la station de télévision, Conan reçoit un message crypté sous forme de chiffres qui semble provenir d'elle. Les chiffres à l'écran sont le 110 9109 et le 2003. Incapable de déchiffrer le code, Conan perd patience, mais c'est lorsque Ran l'appelle qu'il comprend que le chiffre 2003 correspond au terme "lune". Il décide alors de poursuivre sa tentative de décryptage.
Conan est invité à la cérémonie d'inauguration du téléphérique du mont Tenbu. Autrefois, au sommet du mont Tenbu, se dressait la statue gigantesque d'une déesse vénérée par la population. Par conséquent, la construction d'un téléphérique à cet endroit a suscité de nombreuses objections. Une prêtresse prédit qu'une malédiction va s'abattre sur ceux qui sont impliqués dans ce projet.
Conan, Ayumi, Genta et Mitsuhiko jouent devant le Budokan Concert Hall lorsqu'ils tombent nez à nez avec Minami Takayama, une chanteuse très populaire qui doit tenir un concert sur place ce jour-là . Conan et ses amis l'accompagnent au restaurant, mais elle se fait enlever par deux hommes à l'allure suspecte juste sous leurs yeux.
Conan, Genta, Mitsuhiko et Ayumi se rendent dans une auberge en pleine montagne. Ils décident d'y passer la nuit afin de répéter le spectacle de marionnettes pour le club d'enfants. Mais à l'heure prévue, Kaibu, une connaissance de Mitsuhiko et les enfants sont introuvables.
Conan tombe nez à nez avec un artiste qu'il avait déjà rencontré dans une galerie d'art. Lorsqu'il est pris d'un vertige, Conan et ses amis l'emmènent à l'hopital. Mais un fois sur place, l'artiste s'enfuit de l'hôpital. Le lendemain, on retrouve son cadavre victime d'un étranglement. Des feuilles de gingko sont collées à ses chaussures.
Conan, ses amis jeunes détectives et le docteur Agasa partent camper sur le Mont Rujin. Soudain, une voiture tombe du haut de la route, s'écrase contre la glissière de sécurité et tombe dans le gouffre de la falaise. Conan et les autres accourent pour l'aider mais le conducteur est déjà mort. Tout porte à croire qu’il s’agit d’un accident mais Conan n’est pas convaincu.
La fête d'anniversaire de Reika Shii, la fille unique du Président du Groupe Shii, se tient dans une villa au beau milieu de nulle part. Kogoro fait partie des invités spéciaux. Il est accompagné de Ran et de Conan qui assistent à la fête avec lui. Alors que tout le monde est à sa recherche, Yuji Nikaido est retrouvée morte, la tête plongée dans la fontaine du jardin.
Ran, Sonoko, Conan et Kogoro viennent encourager l'équipe de base-ball du lycée Beika. Peu après le match, le fanion du tournoi, qui avait été laissé dans le bureau du Président, est retrouvé en lambeaux. Tout porte à croire qu'un étranger se serait introduit dans les lieux pour perpétrer son forfait.
Reika Shii, la fille unique d'un homme particulièrement aisé, est retrouvée morte dans sa villa. La mort de Reika remonterait à une heure ou deux. Seul deux personnes n'ont pas d'alibi, Takuya Mifune et Shoji Muta. Conan pense pourtant que le tueur est quelqu'un d'autre, lorsqu'il voit que le robinet a été mis en position douche.
Un meurtre est commis sur le téléphérique. A l'instant où il entre dans le tunnel, les lumières s’éteignent dans la cabine du téléphérique et un chant se fait entendre. Le cri du président résonne dans toute la montagne. Lorsque la cabine sort enfin du tunnel, le président a disparu ! Sur la vitre, on retrouve un talisman avec l’inscription « causes et conséquences ».
Alors que Mouri se rend à la résidence de Mina en compagnie de Masayo, il se retrouve plongé dans une situation particulièrement troublante. La porte vitrée et les fenêtres de la salle de bain sont scellées avec du papier-cache adhésif. Et dans la baignoire, ils retrouvent le corps sans vie de Mina qui s'est ouvert les poignets. De plus, le mot "au revoir" a été découpé sur le papier-cache de la porte. Nos héros sont à nouveau confrontés au mystère de la chambre close.
Conan, Ran et Sonoko tombent à l'improviste sur le braquage de la banque Tohto. Après avoir assommé le banquier Maejima, Saiki réclame de l'argent. Maejima retrouve ses esprits et cherche à l'attaquer dans le dos. Mais son portable sonne et Saiki s'en rend compte. Il lui tire alors dessus et le tue.
Conan et ses amis se lancent dans une chasse au trésor dans la résidence d'été d'Agasa. Ils découvrent un code secret que Conan parvient à résoudre et découvrent ensuite une chambre secrète.
Conan et ses amis sont invités à la résidence d'été d'Agasa. Afin de respecter le testament qu'il a laissé après sa mort, 50 ans plus tôt, personne n'est entré dans la maison. Mais quelqu'un s'est introduit dans cette propriété fermée au public.
Un cadavre calciné est découvert lors du Festival du Feu de Red Ogre Village, dans la préfecture de Gunma. La victime n’est autre que Masaki Negishi, un homme que Kogoro a traqué durant ces trois derniers jours.
Kogoro est choisi pour servir de modèle lors du développement d'une station balnéaire. Mais pendant qu'il visite le village, il se retrouve avec une affaire de meurtre sur les bras. Pendant la fête, Yamazaki, le président de l'agence de tourisme qui a invité Kogoro, trouve la mort après être tombé de la véranda de sa chambre. Après l'accident, Conan aperçoit un mystérieux aérostat qui s'éloigne des lieux.
Une jeune femme du nom de Noriko Okaya se rend à l’agence de Détectives Privés Mouri. Elle demande à Kogoro de rechercher Tsuyoshi Kitagawa, un homme avec une voiture de sport rouge qu’elle a rencontré lors d’un voyage à Shinshu.
Dans l'avion qui les emmenait à Los Angeles, Ran et Shinichi ont assistés, impuissants, au meurtre de Kazuhiro Ohtaka. Il a été poignardé à la nuque alors qu'il se trouvait à l'intérieur des toilettes. Grâce au témoignage de Shinichi, la liste des suspects s'est réduite à 5 noms mais la fouille des bagages des suspects se conclue par un échec : on ne retrouve aucune arme.
Conan et ses amis sont invités à un bal masqué organisé par le fan club de " Kamen Yaiba ". Honda, qui s'est déguisé en garde forestier, est présent ainsi que de nombreux autres personnages. Alors que l'ambiance est à son comble, un membre du nom de Mishima fait irruption dans la salle et abat Honda d'un coup de feu. Puis il se tire une balle dans la tête. Bien que Mishima soit mort sur le coup, Honda est indemne car il portait un gilet pare-balle. Kogoro en déduit que Mishima devait en vouloir à Honda et qu'il l'a tué avant de se suicider. Mais Conan, d'après les nombreuses incohérences de l'affaire, est persuadé qu'il s'agit en fait d'un coup monté par Honda.
Shinichi décide d'inspecter les places respectives des suspects et comprend enfin le stratagème utilisé, en remarquant un interrupteur sur un des sièges. La meurtrière n'est autre que Tsugumi, la petite amie de la victime.
Hidemoti est mort laissant derrière lui un testament indiquant que d'une certaine façon il serait impliqué dans le suicide de Mitsuaki. Sa mort est pourtant estimée entre le crépuscule et la nuit du jour de l'incident. Ce qui veut dire qu'il était déjà mort au moment des faits.
Conan et Ran vont chercher Kogoro, qui est ivre dans un pub. Sur le chemin du retour, ils entendent une violente dispute. Kogoro essaye d’arrêter la bagarre mais un vieil homme lui assure que tout va bien, et qu'il n'a pas besoin d'intervenir. Le jour suivant, le corps poignardé de Takayuki Irie est retrouvé.
Grâce à la coopération de Sakata, un membre de la police d'Osaka, Conan et Heiji, qui enquêtent sur l'affaire, découvrent que les victimes partageaient la même chambre lors d'un stage de conduite 20 ans plus tôt. De plus, lorsqu'ils ont obtenu leur permis, leur moniteur a perdu la vie dans un accident de la circulation alors qu'il était ivre.
Conan et l'officier Sato sont à la poursuite du pyromane. Ils reçoivent un appel de l'officier Takagi, qui leur affirme avoir résolu l'affaire qui s'est déroulée il y a 18 ans, lorsque le père de l'officier Sato a été tué par un voleur. À ce moment-là , Takagi est frappé à la tête, menotté et enfermé dans un entrepôt.
Une série d’incendies criminels se produit en ville. Après avoir entendu le témoignage d'Ayumi, qui dit avoir vu le pyromane, Conan, l'officier Sato, Takagi et Shiratori se dirigent vers le site. En chemin, l'officier Sato s'arrête à une intersection et dépose des fleurs sur le trottoir, puis se met à prier. Son père, le commissaire de police Masayoshi Sato, est mort en service il y a 18 ans.
Kogoro et sa famille sont invités à la fête d'anniversaire de Michizo Nagato, le chef d'une famille prestigieuse. Le Président Nagato demande alors à Kogoro de retrouver son premier amour. Heiji Hattori est lui aussi présent à la fête.
Conan accompagne Ayumi chez le dentiste. Elle a rendez-vous pour se faire arracher une dent et bien que Conan veuille l'attendre, Yoko Sawaki, le dentiste, insiste pour qu'il rentre chez lui. Le mĂŞme jour, un meurtre est commis dans un appartement.
Ran est attaquée deux fois par l’homme aux bandages. Bien que Conan déduise qu’une des personnes présente dans la villa est le coupable, il ne comprend pas pourquoi le tueur en veut tellement à Ran.
Conan parvient à résoudre le code secret de la lettre de menace et décide d'attendre le Gamin Voleur sur le toit du bâtiment. Ce dernier apparaît discrètement devant lui avec un sourire qui ne connaît pas la peur aux lèvres.
Sur l'invitation de Heiji, Conan et les autres vont faire du tourisme à Osaka. C'est alors qu'un cadavre tombe sur la voiture de police dans laquelle ils se trouvent. Une femme à l'allure suspecte qui quitte les lieux est elle aussi retrouvé morte un peu plus tard. Les victimes ont toutes deux été poignardées en plein coeur.
Conan, Ran et Kogoro vont dîner dans un restaurant très populaire. Leur dîner est pourtant interrompu par le meurtre de Keizo Kaneda, venu fêter sa promotion. Conan remarque de la sauce sur un des doigts de la victime et il commence son enquête pour démasquer le tueur.
Conan trouve le moyen de décrypter le code. C'est alors qu'il reçoit un appel de Heiji. Tout comme lui, il a compris que les dialogues de la série sont en fait un code. En effet, lorsqu'on regroupe les dialogues des deux personnages pour faire un seul mot, la phrase " Aidez-moi " apparaît. Grâce à un nouvel indice, Conan poursuit son raisonnement et parvient à résoudre toute l'énigme. Il comprend que Shiina est pendu à une corde et qu'il ne lui reste plus longtemps à vivre.
Sonoko reçoit chez lui une lettre qui le prévient que l'Etoile Noire, une perle qui fait partie de l'héritage familial, est sur le point d'être volée. L'expéditeur de la lettre n'est autre que le Gamin Voleur, un cambrioleur insaisissable qui utilise la magie et dont le nom fait l'objet de toutes les conversations en ville.
Sonoko, un camarade de classe de Ran, l’invite avec Conan dans une villa perdue dans les montagnes, avec Ayako, sa soeur ainée, et ses amies étudiantes. Alors que Ran est sortie avec Ohta, elles sont agressées par un homme muni d’une hachette. La ligne téléphonique ainsi que le pont suspendu ont été coupés. Cette nuit-là , le corps démembré de Chikako est retrouvé dans les bois.
Le temple est plongé en plein désarroi car les prêtres sont persuadés qu'ils ont affaire à une malédiction tandis que les forces de police penchent plutôt pour l'hypothèse du meurtre. Conan est persuadé qu'il s’agit d’un meurtre mais il ne sait pas comment le coupable a bien pu faire croire que la pendaison du toit était un suicide.
La police arrive sur les lieux et enquête sur la scène du crime. Le tueur a essayé de faire croire que la pièce était fermée de l'intérieur. Si toutes les personnes présentes ont un mobile pour tuer Chizuru, elles ont aussi toutes un alibi. Conan trouve des preuves sur le toit, endort Kogoro et annonce sa déduction à tout le monde.
Kogoro, qui joue au mahjong, se sent particulièrement en veine. Hida, le Président d'un établissement de prêts qui adore lui aussi y jouer est appelé pour remplacer un des participants. Cependant, au bout d'une heure, il n'est toujours pas arrivé. Inquiets, Kogoro et les autres se rendent au siège de son entreprise et découvrent son cadavre dans une pièce fermée à clef.
Ran et Conan attendent quelqu’un au Café Royal lorsqu’un incident a lieu. Une cliente du nom de Yayoi Himeno est retrouvée morte, poignardée dans les toilettes à l’occidentale de l’établissement. Le Détective Megure commence son enquête sur la présomption que le coupable est une personne de l’extérieur.
Kahori, la fille de Nintaro Shiina, un écrivain rendu célèbre par sa série " Le Détective Saimonji ", se présente à l'agence de détectives Mouri. Elle annonce à Kogoro qu'elle a perdu toute trace de ses parents depuis près de 2 mois et elle veut qu'il les retrouve. Le plus étrange, c'est que l'éditeur de Shiina reçoit chaque semaine des manuscrits faxés et signés de sa main.
Conan, Ran et Kogoro partent à Izu. Ils remarquent une pagode de 5 étages appartenant à un vieux temple. Okabe leur fait visiter le domaine rattaché au temple et leur révèle que le propriétaire de l'Hôtel contrôle le temple et qu'il veut construire un parc d'attraction à côté. Un prêtre, les effraie en leur racontant que quiconque cherche à détruire la pagode sera victime d'une malédiction.
Alors qu’ils sont partis camper avec le Dr Hiroshi Agasa, Conan et les membres de sa jeune équipe de détectives, se retrouvent en possession d’une vieille carte. Notre singulier quatuor part à la chasse au trésor tôt le lendemain matin. Ils traversent la forêt, traquant les signes et résolvant les problèmes.
Conan, Ran et Kogoro se rendent dans un hôtel situé dans les montagnes. Le directeur, Mitsuhiko Arimori, fervent protecteur de la nature, et le chef cuisinier leur réservent un accueil chaleureux. Chizuru Bizen et son mari, Hidehiko Joto, un homme d'affaires venu vérifier le développement du sommet de la montagne, arrivent. Conan et ses acolytes sont écoeurés par l'égoïsme de Chizuru.
Trois collègues de travail découvrent, dans le train pour rentrer du travail, le corps d'une autre de leurs collègues, Kiyomi Hashimoto, qui était partie un peu plus tôt. Elle est morte dans le train et a fait le tour de la ligne au moins une fois. Kogoro découvre une blessure minuscule dans son oreille. Il remarque aussi des traces d'empoisonnement et suppose qu'il doit s'agir d'un meurtre.
La personne qui a percuté Ran et s'est échappée est Yabe. Il avoue que bien qu'il soit du côté des pro-touristes, M. Okumura de l'opposition le payait pour espionner le maire Funaki. Le maire l'a découvert et lui a demandé de le rejoindre au sanctuaire. Mais Yabe insiste sur le fait qu'il n'a pas tué le maire.
Kiwako, qui s'est fait mordre par un serpent de mer est dans un état grave. Conan est persuadé que quelqu'un cherche à la tuer. Il finit par comprendre toute la vérité grâce à une remarque faite par Kisaki.
Hayato Nanjo, qui joue le rôle de la Faucheuse Jinnai dans le film du même nom, reçoit une lettre avec la menace suivante : « Nanjo, je vais te tuer ».
Conan et l'Inspecteur Takagi fouillent la chambre de Higashida et comprennent le stratagème concernant les deux chambres. De plus, ils en concluent que les épines de cactus retrouvées sur la véranda de Mlle Muranishi ont forcément été cassées par quelqu'un. Pendant ce temps, l'Inspecteur Megure et l'Agent Shiratori sillonnent la ville à vive allure à la recherche des deux Inspecteurs manquants.
Alors que Conan déjeunait avec Harumi, Kiwako se noie. Elle finit par être secourue mais une trace de morsure sur sa main indique qu'elle a certainement été mordue par un serpent de mer.Bien que tout laisse à penser que l'incident a eu lieu par le plus grand des hasards, ces marques sur sa main font penser à Conan que quelqu'un cherche à la tuer.
C'est les vacances d'été. On propose à Conan et aux membres de l'équipe de détectives de naviguer sur un bateau à moteur. Tout le monde est au comble de l'excitation. Mais Kasuga, le propriétaire du navire, n'arrête pas de se quereller avec Shinobu, sa fiancée.
Michihiko Suwa, producteur à Nichiuri TV, veut obtenir une promotion. Afin d'augmenter l'indice d'écoute de son émission, il engage une très belle femme pour la présenter. C'est alors qu'il reçoit un appel de Takashi Matsuo, lui-même figure emblématique de la télévision. Furieux d'avoir perdu son poste de présentateur, il élabore un plan.
Conan, Ayumi, Genta, Mitsuhiko et Ai répètent en secret la pièce qui sera jouée à l'école dans un bâtiment à l'abandon. C'est alors que Higashida, un prisonnier portant des menottes, se précipite à l'intérieur poursuivi par l'Inspectrice Sato. Il se rue sur le toit et saute sur le bâtiment adjacent : le Musée d'Art Haido.
Conan et Ran jouent sur la plage lorsqu'ils retrouvent le cadavre de Mitsuko Sekine avec un poids attaché à la jambe. Tanaka, le médecin, conclut à un suicide après avoir pratiqué son autopsie. Mais si l'on tient compte des remarques de Tanaka et des conditions dans lesquelles on a retrouvé le cadavre de Mitsuko, Conan en déduit que le tueur n'est autre que le médecin lui-même.
Sohei Tatsumi est un avocat qui dirige un cabinet dans un hôtel 5 étoiles particulièrement luxueux. Un beau jour, il engage Kogoro pour enquêter sur la liaison extra-conjugale de sa femme. Sur le chemin du retour, Kogoro reçoit un appel de l'inspecteur Megure, qui lui annonce que la femme de Tatsumi a été tuée à son domicile.
Conan, Ran et Kogoro profitent de leur trajet de bus en direction du village de Kagekuwa pour discuter avec Yabe, un jeune homme favorable à l’expansion du tourisme local. Un homme âgé monte dans le bus et exige que Kogoro quitte « son » siège. Il se nomme Okumura et est le leader du mouvement anti-tourisme. Alors qu’il se dispute avec Yabe, Okumura s'effondre : il a été empoisonné.
Conan et Ran se rendent à la plage privée de Sonoko. Le soir même, Conan, Ran, la soeur ainée de Sonoko et son fiancé Yuzo Tomizawa sont obligés de tenir compagnie au père de ce dernier jusqu'à une heure avancée de la nuit, alors qu'il regarde le match de baseball à la télévision.
Mademoiselle Usui est retrouvée morte dans sa chambre, Kogoro endormi à ses côtés. Eri fouille la chambre de la victime, à la recherche de preuves qui pourraient innocenter Kogoro. La manipulation du verrou de la porte et les notes trouvées par Conan les mènent jusqu’au véritable assassin. Comment vont-ils réussir à le faire avouer ?
Kogoro, qui est parti en randonnée avec Conan et Ran, s'arrête pour acheter du jus de fruits. C'est alors qu'ils entendent une femme crier. La bande se précipite sur les lieux et découvre le cadavre d'un homme appelé Nagai. On retrouve des traces de poison dans la bouteille vide retrouvée aux côtés de son cadavre.
Mitsue Muneta, la propriétaire de l'appartement que Kogoro occupait lorsqu'il était étudiant, vient lui demander conseil. Elle est inquiète car Makoto, son petit-fils, est déprimé. Kogoro emmène donc Ran et Conan dans le nouvel appartement. Comme personne ne répond, ils utilisent un double de la clef pour entrer. C'est alors qu'un spectacle des plus étranges s'offre à eux.
L'école primaire Teitan que fréquentent Conan et ses amis est l'objet d'évènements surnaturels et mystérieux. Notre équipe de jeunes détectives s'introduit donc dans le bâtiment afin de faire toute la vérité sur cette affaire. D'après la rumeur, une statue se serait déplacée à la tombée de la nuit. Les membres de notre équipe de jeunes détectives sont terrifiés mais Conan parvient à lever le voile sur ces phénomènes surnaturels.
Conan, Ran et Kogoro ont décidé de séjourner dans la station balnéaire de Karuizawa pour échapper à la chaleur de la ville. Par hasard, ils retrouvent Eri Kisaki, en voyage avec ses collègues avocats Saku, Usui, Shiozawa et Mikasa. Kogoro sympathise avec la jeune mademoiselle Usui ce qui rend Eri folle de jalousie.
Conan, qui va au cinéma avec Kogoro et Ran, ramasse la trousse de secours d’un homme qui sort d’un magasin de Sushi. Il s’agit de Yasuzo Ohkita, accompagné de sa secrétaire, Miura et de son chaufeur, Tokito. Ohkita est de bonne humeur ce jour-là car ses affaires marchent bien. Mais le lendemain, l’Agence Mouri reçoit un coup de fil de l’Inspecteur Megure leur rapportant la mort de Ohkita.
L’heure du décès de Yumi est estimée entre 15h00 et 18h00. Tout le monde a un alibi puisqu’ils jouaient tous ensemble au ping-pong. Mais Ohmura, qui est allé aux toilettes, affirme qu’il a vue Yumi dans le corridor du 2ème en train de les observer. Il était plus de 17h00... Et d’autres incohérences viennent obscurcir le tableau.
L'auberge de la plage d'Inzu est en proie à de nombreux incidents. Une jeune fille brune a été poignardée à mort dans les bois près de la voie ferrée, Sonoko s'est faite agressée à l'auberge par un voleur qui l'a menacée d'un couteau et un homme à l'aspect mystérieux suit Conan et ses amis dans leurs moindres déplacements. Les incidents ne semblent pourtant pas être liés.
« Le Baron de la Nuit » est un personnage mystérieux et insaisissable qui apparaît dans les romans de Yusaku Kudo, le père de Conan. Conan et son équipe sont invités au « Mystery Tour » dont l'organisateur se mélangera aux participants. Celui qui en devinera l'identité se verra offrir un séjour tous frais payés.
Michi Uemori, une spécialiste de la cuisine française, est assassinée pendant un cours. La liste des suspects se réduit à quatre de ses élèves car ils ont tous un mobile. Mais Conan devine qui est le tueur, ainsi que l'arme du crime et le stratagème utilisé. C'est grâce à un anneau que Conan va faire toute la lumière sur cette affaire.
Après avoir gagné le premier prix d’une loterie, Conan, Ran et Kogoro séjournent dans un hôtel luxueux d’Izu. Conan est très excité par les voitures de luxe exposées dans le hall. On lui indique que la voiture très rare du propriétaire de l'hôtel, une Ferarri Dino, sera exposée le lendemain. Peu de temps après, le manager de l'hôtel contacte Kogoro : il vient de recevoir une lettre de menace.
Conan entend par hasard une conversation entre deux agents de police dans la rue. Il en conclue que le Baron ne peut ĂŞtre que Maeda.
La police préfectorale de Shizuoka arrive sur les lieux du crime et mène son enquête. La cause du décès est déterminée : la victime a succombé à une intoxication au monoxyde de carbone. Conan remarque que du gaz brûlé de manière incomplète s'échappe du silencieux et que la valve de ce dernier est volontairement bloquée en position ouverte.
Conan, Ran et Sonoko se rendent à Izu afin d'y passer leurs vacances. Masahiko Michiwaki, un étudiant de l'université de Beika, emmène Sonoko à un restaurant sur la plage. Alors que Michiwaki raconte à Sonoko l'histoire d'une fille qui a été poignardée à mort l'année précédente, un homme à l'allure mystérieuse écoute leur conversation.
Le « Baron de la Nuit » qui s'est empalé sur l'épée d'une des statues du jardin est en fait Ebara, un des participants au concours. Bien qu'on ait d'abord cru que sa chute ait été provoquée par son état d'ébriété avancée, Conan remarque que la cravate de la victime est nouée à l'envers. Il conclut donc qu'il s'agit d'un meurtre.
Kogoro attrape un braqueur de banque en flagrant délit. Conan utilise ses Super Chaussures pour lui fait lâcher son arme au moment fatal. Kogoro attaque alors le voleur et le maitrise mais le revolver, qui était censé se trouver par terre, reste introuvable. C’est alors que Kogoro tombe sur son amie Yumi. Tout comme lui, elle est membre du club de judo et ils vont bientôt tenir une réunion.
Ran assiste à un cours de cuisine tenu part Michi Uemori, un célèbre chef spécialisé dans la cuisine française. Conan et Kogoro l'accompagnent, espérant pouvoir goûter aux plats. Tout à coup, les lumières s'éteignent et quelqu'un en profite pour assassiner Michi Uemori.
Ayumi a été renversée par une voiture noire. Conan poursuit le véhicule sur son skateboard avec Genta et Mitsuhiko mais ils perdent sa trace aux alentours d'une usine. Après un certain moment, la voiture réapparaît et Conan et les autres reprennent leur traque. Au bout d'un moment, la voiture se gare en face d'un commisariat et le chauffeur, Shishido, se rend à l'intérieur.
Conan, Ayumi, Genta et Mitsuhiko s’arrêtent souvent à la Résidence Sakaguchi en rentrant de l’école pour jouer avec John, le chien. Un soir que Kogoro, Ran et Conan passent à la Résidence, ils entendent un cri et Sanae Sugita sort en courant. Le corps de Tsuyoshi Maebara est retrouvé sous les marches de l’escalier. Que s’est-il passé ?
Dans le bus, un homme âgé assis à côté de Ran se présente en affirmant qu'il vient justement de rencontrer son père. Il disparaît pourtant pendant que Ran est assoupie. Aurait-elle rêvé ? Conan remarque la présence d'une disquette portant l'étiquette " Top Secret, à conserver en lieu sûr " dans le sac de Ran. Il semblerait qu'elle appartienne à M. Shitara.
Chie Yoshino perd le contrôle de son véhicule et manque de peu de renverser Ran et Sonoko. La conductrice s'excuse et leur explique qu’elle souffre de maux de tête et de vertiges depuis peu. Akio, le mari de Chie, qui est courtier en assurances, arrive et se montre très inquiet. Sonoko le trouve très attentionné, mais cette situation inquiète Ran. Elle décide donc de mener son enquête.
Naoko Takei, un camarade de classe de Ran, a été enlevée. L'échange de rançon n'aboutit pas car le kidnappeur remarque tout de suite les forces de l'ordre qui font le guet sur l'embarcadère. Il s'enfuit en plongeant avec son véhicule dans l'eau. Katsuhiko Takei, le père de Naoko, demande à Kogoro d'enquêter sur cette affaire.
Après avoir perquisitionné la maison des Ogata, la police conclut qu’aucune effraction n’a eu lieu. Conan s’assure que Kogoro est endormi et commence son enquête. Il découvre qu'après que Shungo soit tombé malade, Shiro l’a remplacé et a continué à correspondre avec Haruna. C’est aussi lui qui lui a offert la boîte à musique !
Conan passe la maison de Megumi au crible et déniche la preuve de sa culpabilité. Bien qu'il fasse part à Kogoro des conclusions permettant de l'incriminer, ce dernier n'arrive pas à le croire.
Conan, Ran, Kogoro et Heicharo, son professeur, se rendent dans les coulisses d'un spectacle pour enquêter sur une affaire de chantage exercé sur une troupe de théâtre. Pendant les répétitions, Shoko, l'actrice vedette, trouve la mort après avoir bu de l'eau empoisonnée au cyanure de potassium.
Genta et Ayumi continuent de surveiller la residence de Wataki. C'est alors qu'ils remarquent Koda sortir de la bouche d'égout située en face de la maison de Wataki. Koda, qui ne se doute pas que Genta et Ayumi l'observent depuis leur cachette, creuse des trous un peu partout dans le jardin de Wataki. Il enterre les bijoux qu'il a dérobés un peu partout dans le jardin afin que la police vienne l'inspecter.
Yuda, qui a été emprisonné pour fraude à l'assurance, s'enfuit de prison. Ran s'inquiète pour Kogoro car Yuda avait affirmé qu'il le ferait payer pour l'avoir envoyé en prison. Elle l'accompagne donc avec Conan aux courses de chevaux. Là -bas, Conan remarque un homme suspect qui porte un masque et des lunettes de soleil.
Conan et sa bande se rendent à l'appartement de Ohmura lorsqu'ils entendent un bruit de verre brisé. Ils se précipitent pour coller leur visage à la fenêtre et se demandent ce qui a bien pu arriver. C'est alors qu'ils entendent quelqu'un crier : « Il est mort ! ».
Conan a retrouvé son corps d’enfant. Une étudiante nommée Haruna Yuki demande à Kogoro et son équipe de l’aider. Shungo Ogata, un ami qu'elle s'est fait par le biais de sa Pocket Bell, a disparu. Ils devaient se rencontrer à Noël mais ce dernier n'est jamais venu. A la place, elle a retrouvé un sac en papier contenant sa Pocket Bell et une boîte à musique à leur lieu de rendez-vous.
Lorsque Kogoro va rendre visite à Megumi, son ancienne élève particulière, il assiste à la mort de Hiromi, sa soeur cadette, victime de l'explosion de sa voiture. Megumi explique que Hiromi sortait la voiture du garage en marche arrière à sa place car elle avait du mal à effectuer elle-même la manoeuvre. Qui était donc réellement visé par l'explosion ?
Les détectives jouent au baseball lorsque leur balle atterrit dans le jardin d'un vieil homme. Celui-ci refuse de les laisser entrer reprendre leur balle. Un client de Kogorô affirme que le corps sa sœur est enterré dans le jardin du vieil homme.
Alors que Shinichi et Ran mangent dans un restaurant luxueux, un homme est tué par balle. La victime, Tatsumi, est président d'une société de jeux vidéo. Shinichi présume que le tueur est un employé nommé Oba mais on ne trouve aucun résidu de poudre sur lui. De plus, la fille de la victime, Sakurako, affirme qu'il était avec elle au moment du crime.
Conan, Kogoro et Ran entendent par hasard une demande de rançon pour enlèvement. Voyant Endo, le père de l'enfant kidnappé, troublé et démuni car il ne peut pas contacter les forces de l'ordre, ils décident de l'aider. Ils devinent où se trouve la cachette des criminels, ainsi que l'endroit où est détenu l'enfant grâce à plusieurs remarques faites au téléphone.
Lors d'une soirée de remise de prix, deux photographes se disputent. L'un d'eux appelle le bureau de Kogorô, sentant que sa vie est menacée. Peu après, son appartement est incendié. Les photos de l'incendie sont directement publiées dans le journal. Elles ont été prises par le photographe primé.
La serrure de l’entrepôt dans lequel Takeshi était censée être enfermée est déverrouillée. La serrure ne pouvait pourtant être ouverte que de l’extérieur... On se demande alors s’il n’a pas bénéficié de l’aide d’un complice. Les passagers sans alibi s’accusent mutuellement cherchant les mobiles de chacun.
Kogoro emmène Conan et Ran à Nichiuri Land. Comme ils n'ont pas d'autre choix, ils assistent au spectacle de Kamen Yaiba. Le spectacle atteint son paroxysme lorsque Kamen Yaiba effectue son saut spécial à l'élastique depuis les tribunes. Mais, l'élastique attaché à ses chevilles se rompt et Yaiba tombe dans le fleuve. Hosono, l'homme qui portait le costume de Kamen Yaiba se noie dans la rivière.
Conan parvient à résoudre le mystère et à déchiffrer l’énigme laissée par Monjiro.
Conan et sa troupe se rendent à un barbecue organisé par Teraoka, le supérieur de Kogoro. Teraoka semble pourtant mal à l'aise lorsqu'un homme du nom de Matsuyama l'appelle pour lui confier qu'il a accidentellement tué un homme et qu'il veut se livrer à la police. Mais, pour Conan, le comportement suspect de Teraoka pendant la fête accréditerait plutôt la thèse du meurtre prémédité.
Conan se rend compte que Ran le soupçonne d'être Shinichi. Il avale donc le remède expérimental d’Ai et retrouve son apparence d’origine. Ai se déguise également en Conan pour faire croire à Ran qu'ils sont deux personnes distinctes et dissiper ses soupçons. Shinichi invite Ran à dîner car il veut lui révéler la vérité mais, un meurtre est commis dans le restaurant.
En rentrant de l’île d’Hetemoto, nos héros se retrouvent à naviguer sur le croiseur de luxe affrété par la famille Hatamoto. Natsue Hatamoto et Takeshi viennent tout juste de se marier Mais une dispute éclate entre Kozo, le grand-père de Natsue, et Ichiro. Juste après cette altercation, Kozo est assassiné.
Alors qu'un étudiant grimpait à l'échelle pour photographier le tramway, celle-ci s'effondre. Il s'en sort indemne mais un cadavre est découvert par terre. L'inspecteur Wakai, du commissariat de Police de Harii, est persuadé qu'il s'agit d'un accident. Mais Conan ne cesse de relever des incohérences et il décide d’aider Wakai à comprendre ce qui s'est réellement passé.
Kayo, la femme de Keizo Masuo, le directeur d'une succursale de la Tohto Bank, a été assassinée à son domicile. L'Inspecteur Shiratori en a conclu que le coupable n'est autre que le braqueur de banque qui l'a retenue en otage. Il l'aurait éliminée parce qu'elle avait vu son visage. Pour appuyer sa thèse, il fait remarquer qu'aucun objet de valeur n'a été dérobé sur place.
Kogoro reçoit une lettre signée de Misao Nakamura, lui demandant d’accepter une affaire. Cette personne, qui prétend avoir hérité du manoir de son grand-père, affirme qu’il s’y déroule quotidiennement des événements étranges. Elle avoue même que récemment, elle s’est sentie observée… Kogoro est donc chargé de fouiller la maison.
Le Docteur Agasa emmène Conan et les membres de son équipe sur le tournage du film « Gomera ». Mais entre deux prises, Matsui, l'interprète du rôle de Gomera, est poignardé à la jambe.
Mouri est engagé sur le tournage de « Tuesday Mistery Theatre » où joue Yoko Okino. L’équipe se compose de Taeko Mamegaki et de Yuji Shimazaki, qui ont prévu de se marier le mois suivant. Alors que tout le monde parle avec effusion du mariage, Anzai, l’assistant, se comporte de façon odieuse. Ran et Conan découvrent qu’Anzai cherche à faire chanter Nachi.
Ayumi emmène Conan, Genta et Mitsuhiko avec elle pour chasser des fantômes d’une maison hantée. Le bâtiment est une vieille résidence de type occidental sur la 4ème avenue. Elle est abandonnée depuis 5 ans, date à laquelle l’ancien propriétaire a été tué, et l’affaire n’est toujours pas résolue.
Kogoro est le principal suspect du meurtre de Hamada. Conan, comme d'habitude, se substitue à lui, lave son nom de tout soupçon et le tire de cette situation délicate.
Un meurtre est commis pendant la pièce de théâtre de Ran. La victime est un médecin nommé Kohei Kamata. Ses trois collègues de travail et son ancienne fiancée, Ayako Ninakawa sont alors suspectés. Lorsque Kogoro apprend qu'Ayako a rompu ses fiançailles, il affirme que la victime s'est probablement suicidée pour se venger mais le chevalier noir conteste cette hypothèse.
Conan commence à comprendre le stratagème employé par Tsuchikata. Le meurtrier a en fait utilisé une illusion d'optique, en décorant la chambre de Tsuchikata comme celle du 5ème étage. Puis il a fait une marque sur le panneau de contrôle de l'ascenceur pour qu'il indique le 6ème étage au lieu du 5ème. Il a ensuite convié Kogoro et les autres dans sa chambre du 6ème afin de laisser croire que le meurtre a été perpétré dans la chambre d'Okita au 5ème.
Conan et ses amis se rendent au commissariat afin de répondre à des questions au sujet d'une affaire déjà résolue. Une fois sur place, ils rencontrent l'inspectrice Takagi. C'est alors que le directeur d'une succursale bancaire qui s'est fait dévaliser la veille fait son entrée. Il appelle chez lui afin de parler à sa femme mais lors de leur discussion téléphonique, il l’entend crier.
Après s’être fait tirer dessus à l'intérieur de la grotte, Conan doit être opéré d’urgence. Ran se porte volontaire pour la transfusion sanguine, affirmant être du même groupe sanguin que lui. Conan comprend alors que Ran connaît sa véritable identité. Alors qu’il prévoit de tout lui révéler, Ai arrive dans sa chambre d'hôpital et pointe une arme sur lui.
Le Ryujin-Maru, qui a coulé 7 ans plus tôt avec à son bord un chargement de lingots d'or, est rejeté sur le rivage d'une petite île de la mer intérieure de Seto. On ne trouve pourtant aucune trace de la cargaison. Kogoro, qui doit donner un cours sur l'île, emmène Conan et Ran avec lui. Mikami, le chef du village, les accueille et demande à Kogoro de partir à la recherche de l'or manquant.
Tetsurato Izumo, le propriétaire d'une bijouterie, a été abattu dans le North Star 3, un train de nuit, par Yasuji Asama. Ce dernier est parvenu à s'enfuir par une fenêtre mais on retrouvera son cadavre un peu plus tard. Pour Conan, il ne fait aucun doute que le scénario du meurtre est calqué sur la trame d'un des romans de son père.
Ran pourrait devenir mannequin pour Eiko Ashiyama, une des plus grandes couturières du Japon. Elle emmène Kogoro et Conan, fou de curiosité, voir Eiko avec elle. Sur place, Eiko pense que quelque chose ne tourne pas rond avec Taniguchi, son assistante, qui ne répond pas à ses coups de fil. Le cadavre de Taniguchi est alors retrouvé sauvagement poignardé en pleine poitrine.
Après être entrés dans la grotte, les jeunes détectives surprennent des braqueurs se débarrassant du corps de leur partenaire. Pour aggraver les choses, Conan se fait tirer dessus et est gravement blessé. Les enfants, poursuivis par les malfrats, font de leur mieux pour sortir de la grotte. L’inspecteur Megure arrivera-t-il à temps pour les sauver ?
C’est le jour du mariage de Sayuri Matsumoto, le professeur principal en cours moyen de Conan et de Ran. Sayuri explique à Conan pourquoi elle aime le thé au citron. Peu de temps après, on entend un drôle de bruit. Les invités se précipitent alors dans la salle et ils voient Sayuri en train de vomir son propre sang. Son thé glacé au citron a été empoisonné.
Conan et Ran accompagnent Kogoro au bureau de l'illustratrice Hanaoka. Une fois sur place, Hanaoka reçoit un appel de Chono, son assistante qui l'informe qu'elle veut se suicider. Au moment même où Conan et les autres se précipitent à la fenêtre pour observer la chambre de Chono située en face, elle saute du bâtiment.
Les jeunes détectives partent avec le docteur Agasa pour faire du camping en montagne. Alors qu’il ramasse du petit bois, Mitsuhiko découvre une grotte avec des inscriptions mystérieuses. Ayumi et Genta sont tellement excités à l’idée qu’un trésor si cache qu'ils ignorent le panneau « Danger, ne pas entrer » à l’entrée de la grotte. Ils tombent alors sur trois voleurs transportant un cadavre !
Etsuko Furukawa, présidente d'une société de production, engage Kogoro pour veiller sur sa mère, Katsue, qui a été attaquée trois jours auparavant. A la résidence Furukawa, Kogoro et son équipe rencontrent la domestique, le frère d'Etsuko, Koji, et Etsuko mais leur attitude hostile met le groupe très mal à l'aise. Au moment où Etsuko va chercher sa mère, un coup de feu retentit.
Conan, Ran et Kogoro sont invités par l'acteur samouraï Yusaburo Tsuchikata dans son appartement au 5ème étage. Lorsqu'ils arrivent sur place, sa femme Isami les accueille à l'entrée. Ils sont emmenés tous les trois dans le salon lorsqu'un meurtre est perpétré alors qu'ils admirent tous la vue depuis la véranda de la chambre. Isami a été assassinée dans la chambre d'Okita.
Un incendie se propage dans la villa où se tient la fête d'anniversaire de Mami, une ancienne élève du lycée Teitan. Conan, qui recherche les causes du sinistre, remarque plusieurs incohérences. Mami, qui s'était assoupie sur le canapé, a été retrouvée allongée sur le sol. De plus, le gâteau qui se trouvait sur la table est maintenant sur la chaise. Une personne aurait-elle déclenché un incendie criminel ?
Natsue Hatamoto invite Conan, Ran et Kogoro à Hokkaido à bord du North Star 3. Alors que Kogoro quitte son compartiment pour se promener dans le vestibule du train, il percute un homme avec des lunettes de soleil, coiffé d'un chapeau et portant un masque. Cet homme, Asama, est très surpris de découvrir que Kogoro se trouve à bord.
Conan, Ran et Sonoko se rendent à l'observatoire du Mont Hoshimi pour contempler le ciel étoilé. Ils y recontrent des étudiants en astrologie venus observer les corps célestes. Nonaka se vante d'être le plus jeune vainqueur du Prix des Pionniers des Etoiles. Il mourra pourtant le soir même à la suite d’une chute, alors qu'il prenait des photos, seul, depuis l'antenne du relais hertzien.
Shigematsu, le majordome, est assassiné dans la demeure des Morizono la veille du mariage entre Kikuto Morizono et Kaede Katigiri. Heiji et Conan, qui font partie des invités, tentent de résoudre le meurtre. La liste des suspects se réduit à 5 noms mais le crime ayant été commis dans une pièce fermée de l'intérieur, Heiji et Conan sont assez déroutés.
Les détectives juniors suivent un enfant qui fait ses courses. Il manque de se faire percuter par une voiture. Il disparaît peu après au détour d'une rue.
Conan et Kogoro sont invités à la fête d’anniversaire d’Asami qui s’endort finalement avant d’avoir pu souffler les bougies de son gâteau d’anniversaire. Alors que ses amis se rendent au karaoké, ils réalisent au milieu de la nuit que la maison où se trouve Asami est en feu.
L'équipe de détectives en herbe, va au centre commercial assister au spectacle « Kamen Yaiba ». Pris au piège après la fermeture de l'établissement, ils se rendent au poste de sécurité et y trouvent Kamen Yaiba et le Jocker, qui se trouvaient sur scène quelques instants plus tôt, qui tiennent en respect le vigile ainsi que Ryoko, préposée aux ascenseurs, à l’aide d’un couteau.
Kogoro et Conan viennent rendre visite à Denjiro Maru, le Président du Groupe Maru. Ils viennent faire leur rapport sur une enquête au sujet des infidélités de sa femme mais ils retrouvent son corps sans vie à l'arrière de la maison. Conan commence alors à ébaucher ses théories mais il est confronté à certains détails qui le tracassent.
Plusieurs meurtres sont commis lors d'un concours réunissant des passionés de Sherlock Holmes. Les lycéens parviennent à faire la lumière sur l'attaque de Fujisawa.
Le corps de Matsuko, la belle-fille de l’idole nationale Kikuemon, est retrouvé pendu au plafond d’un entrepôt. Le meurtrier serait-il un des disciples du maître céramiste ?
Heiji et Kazuha se rendent à Osaka afin d'assister au mariage de Kikuto Morizono. Conan, Ran et Kogoro les accompagnent et en profitent pour visiter le sanctuaire Meiji. Invités dans la demeure Morizono, ils entendent soudain le bruit d'un verre brisé provenant d'une chambre et ils tombent sur le cadavre de Shigematsu, poignardé en pleine poitrine. Cependant, l'arme du crime est introuvable.
Conan comprend ce qu’il s’est passé après avoir retrouvé l’arme du crime. L’analyse ballistique du laboratoire confirme que la balle qui a tué la victime provenait bien de ce fusil et sa théorie fait désormais sens. Maintenant qu’il a toutes les clés en main, Conan peut se servir de Kogoro pour révéler qui est le coupable !
Kogoro, Ran et Conan sont en vacances dans une vieille villa de montagne et rencontrent l'équipe de production de la très populaire émission de télévision « Urban Hunter ». L'équipe du détective est surprise par l'atmosphère lugubre qui règne au sein du staff. Cette nuit-là , un coup de feu est entendu et Sunaoka est retrouvé mort dans sa chambre.
Alors qu'ils jouaient avec des cartes Kamen Yaiba, les membres de notre jeune équipe de détectives décident de retrouver un chat. En remontant les traces de sang laissées par le félin, ils tombent sur le cadavre d'un homme dans sa baignoire. La maison appartient en fait à Kazuyoshi Tanaka, l'écrivain qui a remporté le Prix Littéraire Seiun.
Conan participe au projet « Sur les traces de Sherlock Holmes », accompagné de Ran et de Kogoro. Le concours est organisé par Hiroyuki Kanaya, le propriétaire de la Pension Microloft. Conan, qui est passionné par Sherlock Holmes, est aux anges.
Un célèbre céramiste invite Kogoro chez lui. Lorsque sa belle-fille est retrouvée pendue le lendemain matin, l’enquête commence.
Conan et son Equipe de Détectives en Herbe parlent du cambriolage meurtrier qui s’est produit à l’Escargot, un restaurant français. Le lendemain, Ayumi ne peut pas assister aux cours à cause d’un rhume. Elle reste donc seule à la maison lorsqu’une personne tente de forcer la porte et parvient à entrer !
Suou a été égorgée dans son lit et les masques maudits sont retrouvés aux quatre coins de la chambre. Cette pièce n’est accessible que depuis l’aile ouest du bâtiment et était verrouillée de l’intérieur. On interroge les sept suspects potentiels et Conan ne manque pas de relever le commentaire étrange de l'un d'entre eux.
Le cadavre de Tsunehisa Fujii, le directeur général du bureau de vente de la Sunfish Cleaning Company à Tohto, est retrouvé dans une ruelle. Des matériaux en acier lui sont tombés dessus. Conan, Ran et Kogoro, qui entendent par hasard le fracas provoqué par la chute, se précipitent sur les lieux.
Un bateau vide avec un ballon rouge attaché dessus passe devant Conan et les autres pendant leur partie de pêche. Au même instant, un coup de feu retenti depuis l’autre rivage et le ballon explose. Conan trouve une calculatrice parmi les débris. On peut lire un message à son attention sur l’écran. Il doit d’agir au plus vite pour empêcher les snipers de tuer leur cible !
Le dirigeant d'un groupe industriel se prépare à faire une annonce concernant le futur de son entreprise. Mais soudain, au milieu de la soirée, il meurt empoisonné. Ses deux filles deviennent alors les principales suspectes.
Conan pense que Machiko a essayé d’éliminer Yoshifusa et que ça s’est retourné contre lui. Yusaku fait alors son apparition et révèle que Yoshifusa est un imposteur. Il poursuit son raisonnement et affirme que Carlo, le garde du corps, est en fait le fils de Yoshifusa.
Hatta s’était endetté jusqu’au cou et pour l’Inspecteur Megure et les autres, c’est la raison qui l’aurait poussé au suicide. Mais Hatta ne semblait pas être de cette trempe et Conan en déduit que quelqu’un a certainement maquillé le tout en suicide après l’avoir assassiné.
Masami Hirota, une femme de la préfecture de Yamagata, demande à Kogoro Mouri de surveiller les aller-venues de son père. L’homme, Kenzo Hirota, finit par être retrouvé et il semblerait que l’affaire soit close lorsque le père et sa fille se rencontrent à nouveau. Mais l’homme commet un suicide.
Kogoro est invité à participer à un gala de charité pour les enfants dont les parents ont été victimes d'accidents de la route. Il se rend chez l'hôte de la fête, Mme Beniko Suou. En chemin, il trouve un morceau de papier sur lequel est écrit « surtout n’y participez pas ».
Alors qu'ils reviennent d'un séjour dans une source thermale, Conan, Ran et Kogoro tombent sur une affaire de meurtre à la gare de Hananomachi.
Les jeunes détectives sont absorbés par un nouveau jeu : ils déduisent le menu des clients d’un supermarché en examinant leurs tickets de caisse. Conan est surpris de voir du Chronin sur l'un des six reçus trouvés. Cette substance toxique est utilisée pour exterminer les taupes : pourquoi quelqu’un en aurait-il besoin en plein coeur de Tokyo ?
L'Hotel Beika accueille la présentation d'un nouveau jeu développé par la Mantendo Game Company. Il s'agit d'un jeu de réflexion auquel Kogoro a participé en tant que consultant. Kogoro, Ran et Conan sont tous présents.
Conan et les autres s’efforcent d’élaborer des conclusions. Mais pendant ce temps, le chef actuel du village, Kuroiwa, est lui aussi assassiné, bientôt suivi de Nishimoto.
Conan et les autres jouent à cache-cache dans le Parc Beika. Ayumi se cache dans le coffre d'une voiture et s'endort accidentellement. La voiture finit par démarrer et Conan tente de la contacter grâce au badge émetteur que lui a procuré le Dr Agasa.
Le Dr Agasa remet à notre équipe de Détectives en Herbe de l’école primaire de Teitan des places de cinéma qu’il a gagné dans une tombola. Ils choisissent tous de s’y rendre le jour de l’anniversaire de l’école. A la majorité, ils décident d’aller voir « Gomera ». Bien que ce choix ne soit pas du goût de Conan, il accepte pourtant de les accompagner.
La mère de Shinichi emmène celui-ci voir une amie. Là -bas, plusieurs personnes d'une famille se réunissent pour connaître l'identité de ceux qui hériteront d'un vieil homme décédé il y a peu.
Conan, Ran et Kogoro entendent le cri d'une femme puis se précipitent dans un appartement. Un chef d'entreprise du nom d'Imoto est retrouvé mort à la véranda de sa chambre après avoir reçu un coup derrière la tête. A ses coté, on retrouve les débrits d'un pot de fleur.
Sur le chemin du retour de l'école, Conan et ses amis remarquent, à la fenêtre d’un appartement, un crochet en forme de « S » auquel est attaché un anneau. Les jeunes détectives en déduisent qu’il s’agit d’un S.O.S et, ignorant le conseil de Conan de ne pas se mêler des affaires des autres, décident de mener l’enquête.
Ran a des suspicions concernant Conan, après être tombée sur une photo d'enfance d'elle et Shinichi.
Le Docteur Agasa, Conan et notre Equipe de Détectives en Herbe sont invités à séjourner dans un château sur lequel ils sont tombés par hasard en rentrant de leur campement. Il semblerait que ce château renferme un trésor gardé par un mystère impénétrable. Conan et le Docteur Agasa disparaissent à l’intérieur de ce château particulièrement mystérieux.
Conan, Ran et Kogoro prennent la voiture pour aller à la montagne assister à l'éclosion des cerisiers. Sur le chemin du retour, ils crèvent un pneu et se voient obligés de passer la nuit dans un temple tout proche. Lors de la visite de l’édifice, Conan découvre une pièce étrange au plafond très élevé...
L'Agence de Détectives Mouri reçoit une lettre bien mystérieuse. Après avoir accepté le travail, Kogoro, Ran et Conan se rendent sur l'île Tsukikage. Mais lorsqu'ils arrivent, ils se rendent compte que leur client n'est autre que le pianiste Kenji Aso qui est mort brûlé vif en jouant la sonate au Clair de Lune après avoir incendié sa maison 10 ans plus tôt.
Conan, Ai, Ayumi, Genta et Mitsuhiko partent faire du camping avec le Dr Agasa et se perdent. Ils tombent alors sur un château de style occidental au beau milieu de la forêt. Alors qu'ils visitent le château, Conan découvre une porte secrète au deuxième étage, derrière laquelle se trouve un corps momifié. Mais juste après cette découverte, il reçoit un violent coup à la tête et s'évanoui.
Tenma est retrouvé mort dans la salle de piano, une épée plantée dans le dos et un diapason à la main. Yoshinori, qui se trouvait avec Tenma, est soupçonné d'avoir commis le meurtre. Conan émet une hypothèse et endort Kogoro afin d'expliquer ce qui s'est passé.
Un magicien est retrouvé mort à son domicile. Il s'agit apparemment d'un suicide, mais sa veuve en doute fortement. Elle demande alors l'aide de Kogorô. Un des trois disciples du magicien devient suspect.
Conan, Ran et Kogoro prennent la voiture pour aller à la montagne assister à l'éclosion des cerisiers. Sur le chemin du retour, ils crèvent un pneu et se voient obligés de passer la nuit dans un temple tout proche. Lors de la visite de l’édifice, Conan découvre une pièce étrange au plafond très élevé...
Conan et ses amis visitent un salon de beauté lorsqu’ils assistent à une violente dispute entre Midori, le propriétaire, et l’esthéticienne Mika. Le lendemain, Mika est retrouvée morte. Son cou porte des marques de strangulation et on retrouve un bout de plastique bleu sous ses ongles. Midori, qui a eu vent du meurtre, arrive au plus vite.
Kogorô sort boire quelques verres avec un ami de longue date. Sur le chemin du retour, il tombe sur une connaissance qui l'invite à passer la soirée à parler de ses enquêtes. Après la soirée, il raccompagne la jeune femme à son appartement et découvrent ensemble sa co-locataire poignardée.
Une lycéenne du nom d'Akagi se présente à l'agence de détectives privés Mouri en affirmant qu'elle était la petite amie de Shinichi et qu'elle voulait prendre de ses nouvelles. Conan, Ran et les autres en restent bouche bée. Conan n'a pas la moindre idée de qui il peut bien s'agir ! Après être allé dans la chambre de Akagi, Conan en conclu qu'il se trame quelque chose de suspect.
Le président d'une grande entreprise, Yoshinori Kana, se rend au bureau du détective Mouri pour demander de l'aide. Depuis qu'il a organisé une fête pour la sortie du CD d'une chanteuse franco-japonaise, sa femme, Misako, est victime de chantage et de tentatives d’intimidation. Kogoro et son équipe s’infiltrent dans son entourage pour mener l’enquête.
Kogoro part s'exerce au golf de bon matin. Tachibana, le responsable du développement d'Ishii Electrics, et son équipe, viennent s'entraîner à la même heure. Une grosse explosion retentie : on retrouvera le cadavre de Tachibana.
C'est en observant un yacht représenté sur l'étiquette d'une bouteille de vin que Conan comprend pourquoi il a retrouvé des marques de carreaux d'arbalète dans l'arrière-cour. Notre détective reconstitue le crime et résout brillamment le stratagème qui a permis de commettre ce crime impossible au beau milieu de la neige et déclare que le meurtrier est en fait Kikue Tanaka.
La nuit précédant le plus grand Festival de Printemps au monde, le romancier Tomo Imatake est abattu par balles. Le meurtrier, un romancier du nom de Sasai, ôte son déguisement et jette le revolver dans le fleuve avant de retourner se confondre avec la foule.
Un accident de la route se produit près du café où le Dr Agasa et les amis de Conan ont rendez-vous. Aida, qui a été percutée par le camion, meurt sur le coup. Cela ressemble à un accident mais Conan a des soupçons sur Ohara, l'homme qui était avec Aida et qui s'est levé pour aller aux toilettes juste avant l'accident.
Conan, Ran et Kogoro partent faire du ski et séjournent dans une vieille pension miteuse. Une fois sur place, ils rencontrent Akiko Kinoshita, la fameuse actrice qui interprète le rôle de la Femme des Neiges, ainsi que sa doublure Yoko. Le lendemain, Ran prend un bain et voit la Femme des Neiges passer devant elle. Elle en reste pétrifiée de terreur...
Le propriétaire d'une galerie d'oeuvres d'art médiévales est assassiné sur son lieu de travail. Le crime, perpétré à une heure avancée de la nuit, reprend le même procédé que le tableau « Divine punishment ». A peine arrivés sur les lieux, l'Inspecteur Megure et les autres visionnent les images des caméras de surveillance.
Ai boit une liqueur appelée Paikal et est prise de douleurs dans tout le corps peu de temps après. À ce moment-là , deux hommes font irruption dans la pièce car ils ont rendez-vous avec Pisco. Ai se cache dans la cheminée et son corps se métamorphose soudainement en celui du sosie de Sherry.
L'Inspecteur Megure apparaît à la bibliothèque de Beika où Conan et son équipe sont venus emprunter un livre. Depuis deux jours, le personnel est sans nouvelles d'un employé du nom de Kazuo Tamada. Les détectives soupçonnent un coup monté et décident d'attendre la fermeture pour fouiller la bibliothèque.
Le chirurgien Ogawa est intrigué par les jouets et l'argent qu'il reçoit tous les mois de façon anonyme depuis deux ans. Kogoro est chargé de l'enquête.
Le cadavre de Hamano a été retrouvé dans l’arrière-cour, allongé dans la neige. L’absence de traces de pas tout autour laisse croire qu’un crime impossible vient d’être commis au châlet. Un autre membre du groupe a lui aussi été tué à son domicile. La réunion des « Amours Magiques » est peut-être bien victime d’un tueur en série.
L’écho du cri de Ran se répercute à travers toute la montagne. Elle a retrouvé le corps de Mitsue dans le chalet poignardé à mort. Conan déduit à partir des bouts de fil retrouvés sur place que le tueur est Kawabe. C’est alors qu’ils entendent son cri et qu’ils ont tout juste le temps de le sauver d’une avalanche.
Conan, Kogoro et Ran sont invités au club de sport en tant que moniteurs. Le lendemain, Naoya Saijo, un professeur qui participe aux concours de plongeon, est retrouvé mort dans la piscine. La police conclut à un accident d'entraînement. Mais Conan est loin d'être convaincu.
Conan, qui se sentait souffrant et qui a préféré garder le lit, disparaît. Ran, qui s'inquiète, le cherche partout.
Conan rend visite à Kogoro, hospitalisé après être tombé dans les escaliers. Sur place, il tombe sur Yoshio Sekiguchi, venu rendre visite à son père malade. Il a l’air plutôt désemparé. Une bande de braqueurs qui s’est attaqué à sa banque le fait chanter pour qu’il tue un membre de leur bande qui est hospitalisé dans cette même chambre.
La grande réunion des « amours magiques » se tient dans un châlet enneigé. Kogoro et Conan y déposent Ran et Sonoko. Sur le chemin du retour, une information passe à la radio qui les laisse sous le choc. Un des membres sensés assister à la réunion a été retrouvé mort à son domicile.
C'est le calme plat à l'agence de détective privé Mouri. Kogoro, le directeur, est complètement obsédé par une vedette : Yoko Okino. Conan s'en plaint auprès du Dr Agasa qui lui conseille alors de renflouer les comptes de l'agence en résolvant les enquêtes depuis les coulisses. Un beau jour, Kogoro est engagé par un client qui se révèle être la fameuse vedette Yoko Oniko...
Nomiguchio meurt lorsqu'un lustre lui tombe soudainement dessus. L'inspecteur Megure interroge des suspects potentiels mais, il est incapable de trouver des preuves exploitables. De son côté, Conan, convaincu que le mouchoir qui lui est tombé sur la tête juste après la chute du lustre est une preuve, questionne le réceptionniste.
Le président d'une compagnie immobilière, loue les services d'un tueur à gages pour qu'il mette fin à ses jours. Le contrat stipule qu'il devra passer à l'acte quand il s'adonnera à son passe temps préféré : la randonnée !
Kogoro, Ran et Conan tombent accidentellement sur Kosaku Horita, le président de Horita Heavy Indutries, dont la voiture est tombée en panne sur une route de montagne. Ils finissent par le reconduire à son chalet où la fête d'anniversaire de Horita bat son plein.
La femme du diplomate Isao Tsujimura vient d’engager Kogoro pour qu'il enquête sur son fils Sachiko Katsuragi, le petit ami de Takayoshi. Conan, Kogoro, Ran et Hattori se rendent avec Kumie à la résidence de Tsujimura. Ils ouvrent la porte de l'étude avec la clef mais lorsque Kumie s'approche de Tsujimura qui est assis à son bureau, la tête dans les mains, il s'écroule. Il est déjà mort.
Ran et son ami participent à une fête de Saint Valentin lorsqu'un meurtre est commis sur les lieux. La victime n'est autre que Katsuhiko Miyagawa, le fils aîné des propriétaires de la résidence où se déroule la fête. La cause de la mort est due à un empoisonnement...
Ai fait un rêve prémonitoire. Un jour, alors qu'elle rentrait de l'école avec Conan, elle aperçoit une voiture noire et pense que son rêve est sur le point de se réaliser. Conan monte dans la voiture du docteur Agasa avec Ai et les prend en chasse. Il n'a qu'une idée en tête : retrouver ceux qui l'ont transformé en enfant.
Malgré les recherches fiévreuses de l'Inspecteur Megure et de ses hommes, le criminel reste introuvable. L'homme à l'allure suspecte qui avait attiré l'attention de Conan et de ses amis est en fait l'Inspecteur Takagi. La fin de la rencontre approche inexorablement ...
La voix du deuxième criminel résonne à nouveau dans le portable : « relachez mon complice et préparez l’argent avant la fin du match, sinon je tue un autre spectateur ». Malgré les recherches fiévreuses de l’Inspecteur Megure et de ses hommes, le criminel reste introuvable.
Kogoro, Ran et Conan se rendent à Kyoto dans le train à grande vitesse pour assister à la cérémonie de mariage d'un ami. Ils sont accompagnés d'Ayumi, Genta et Mitsuhiko quand ils tombent nez à nez avec deux hommes vêtus de noir. Ils espionnent la conversation entre les deux hommes. Ils découvrent alors qu'ils prévoient d'éliminer un homme d'affaires avec une bombe.
En rentrant de l'exposition sur les Trésors Cachés du Monde Entier, Conan et sa jeune équipe de détectives tombent sur une feuille de papier contenant plusieurs diagrammes plutôt énigmatiques. Genta et les autres prennent le document pour une carte au trésor et décident de partir en chasse...
L'assassin est démasqué : il s’agit de M. Kujirai ! Conan élucide l’affaire et révèle le stratagème du coupable à l’équipage du bateau.
Une lettre de chantage insinuant qu’un meurtre est sur le point d’être commis est remise lors de la fête de commémoration de Rika Okano pour son premier prix au Concours Mondial d’Arrangement Floral. Conan et ses amis se rendent à cette fête après avoir été contactés par Midori, l’organisateur. Cependant, le directeur en chef Shiroki est étranglé sur les lieux.
Komiyama, un célèbre acteur a été assassiné. Les principales suspectes, ses trois partenaires à la scène, s'accusent à tour de rôle de l'avoir tué avec un vase. Pourtant, Komiyama est mort d’une crise cardiaque... Qu’a-t-il bien pu se passer ?
Ran, Kogoro et Conan se rendent dans un chalet couvert de neige à la montagne après que Conan ait gagné un concours pour y passer la nuit. Mais ils ont perdu les clefs en chemin. Ils tombent alors sur Sho Ohyama, professeur à la Faculté de Médecine de l'Université Toto, qui passait là par hasard. Ils finissent par aller dîner chez lui.
Conan et ses amis décident de rendre visite au professeur Hirota afin d'en savoir plus sur la drogue élaborée par Haibara. Mais une fois sur place, ils découvrent son cadavre dans une pièce fermée. Conan est persuadé qu'il s'agit d'un homicide et il parvient à comprendre comment la pièce a pu être refermée grâce aux pièces d'un échiquier et à une cassette placée dans le répondeur.
Alors que Conan et ses amis assistent à la finale de la Coupe Tennoh de football, Kaneko, le directeur de la chaîne Nichuri TV, reçoit un appel de menace. On lui réclame la somme de 50 millions de yens avant la mi-temps. Le maître-chanteur insiste en affirmant que s'il remarque le moindre mouvement suspect, il tirera au hasard sur les spectateurs.
Conan et ses amis visitent le chalet de montagne de Torakura, un célèbre écrivain dont les romans de terreur reprennent le personnage de Dracula. Torakura est tellement obsédé par Dracula que ses voisins vont même jusqu'à appeler son chalet " la villa Dracula ". Il en est tellement fanatique que même le pieu en bois massif utilisé dans les films du célèbre vampire fait partie de sa collection. Mais une fois la nuit tombée, Torakura est assassiné.
Le jeune lycéen Shinichi Kudo, déjà réputé pour ses talents de détective, s'est transformé en enfant après que des hommes en noir l'aient forcé à prendre du poison. Shinichi, après avoir pris conscience de son état, parvient à convaincre son voisin le Docteur Agasa de sa véritable identité et le supplie d'élaborer un remède qui lui permettrait de retrouver son apparence.
Bien que Kogoro soit très sûr de lui au moment de présenter sa solution au mystère de la chambre close, son raisonnement n'est bien évidemment pas valable et il est surpassé par les autres. Hanamura, Setsuko, Doi et Tashiro avaient tous un mobile et l'occasion de commettre le crime. Mais tant que le mystère de la chambre close n'est pas résolu, il n'y aura pas suffisamment de preuves.
Conan, Ran et Kogoro regardent des grues lorsqu'ils rencontrent Shuzo Machida, un homme âgé qui prend plaisir à nourrir les volatiles. Il invite Conan et ses amis à passer la nuit chez lui. Son frère cadet Tamotsu, son fils Hiroshi et sa fille Yoko débarquent alors à l'improviste. Ils en ont tous après sa fortune mais il compte en faire donation à l'association pour ces grues qu'il adore. Tamotsu est d'accord avec lui mais Hiroshi et Yoko ne l'entendent pas de cette oreille...
Alors que M. Kujirai passe aux aveux et avoue son implication dans un braquage ayant eu lieu 20 ans plus tôt, il se fait tuer. Le cadavre de M. Kanie est également découvert.
Conan et Hatori sont persuadés que le tueur se trouve parmi les passagers et se mettent à chercher des indices. Heiji remarque quelque chose d’étrange à la proue du bateau mais il est assommé puis jeté à la mer par le tueur.
Kogoro tombe sur Takeo Izumi, le principal suspect dans une affaire de meurtre, alors qu'il dîne en ville avec Conan et Ran. Respectant les ordres de l'Inspecteur Megure, Kogoro ramène Izumi sur les lieux du crime. Quand ils arrivent à la résidence de Kojima, le Président d'une entreprise de cosmétique, Ikuko est retrouvée étranglée avec masque de beauté sur le visage.
En fait, cette affaire n'a rien à voir avec les hommes en noir. Haibara révèle enfin qu'elle appartient à la même organisation que les hommes en noir et que son nom de code est Sherry. L'organisation l'avait chargée de créer la drogue qui a rajeuni Conan !
Les membres de notre équipe de jeunes détectives, Conan, Mitsuko, Ayumi et Genta utilisent la CB de Mitsuhiko lorsqu'ils enregistrent accidentellement une conversation téléphonique. Ils entendent la voix d'un homme dire très clairement : " j'ai kidnappé votre fille ".
Conan, Ran et Kogoro voyagent à bord d'un bateau. Un homme est abattu d'une balle dans la salle des machines et un corps est retrouvé brûlé vif à la proue du navire. M. Samezaki et Kogoro pensent qu'il s'agit de l'oeuvre de Saizo Kano qui, déguisé en vieillard, se venge de ses anciens complices.
Ai Haibara vient d'intégrer la classe de Conan. Au même moment, le frère aîné de leur camarade de classe disparaît. Alors qu'il mène l'enquête, Conan se dit que toute cette affaire est liée à un réseau de contrefaçons.
Un beau jour, le jeune lycéen Shinichi Kudo résout brillamment une affaire de meurtre commis dans un manoir. Il est un détective de renom qui a su gagner le respect de l'inspecteur Megure. Le lendemain, il visite un parc d'attractions avec Ran, son amie d'enfance. Mais un meurtre est commis dans les montagnes russes qu'ils avaient décidé d'emprunter.
Une jeune femme du nom de Noriko Okaya se rend à l'agence de Détectives Privés Mouri. Elle demande à Kogoro de rechercher Tsuyoshi Kitagawa, un homme avec une voiture de sport rouge qu'elle a rencontré lors d'un voyage à Shinshu. Kogoro conclut à la hâte que Noriko est tombée amoureuse de cet homme. Il entreprend donc ses recherches au plus vite.
Le jeune lycéen Shinichi Kudo, déjà réputé pour ses talents de détective, s'est transformé en enfant après que des hommes en noir l'aient forcé à prendre du poison. Shinichi, après avoir pris conscience de son état, parvient à convaincre son voisin le Docteur Agasa de sa véritable identité et le supplie d'élaborer un remède qui lui permettrait de retrouver son apparence.
C'est le calme plat à l'agence de détective privé Mouri. Kogoro, le directeur, est complètement obsédé par une vedette : Yoko Okino. Conan s'en plaint auprès du Dr Agasa, qui lui conseille alors de renflouer les comptes de l'agence en résolvant les enquêtes depuis les coulisses. Un beau jour, Kogoro est engagé par un client qui se révèle être la fameuse vedette Yoko Oniko !
En rentrant de l'exposition sur les Trésors Cachés du Monde Entier, Conan et sa jeune équipe de détectives tombent sur une feuille de papier contenant plusieurs diagrammes plutôt énigmatiques. Genta et les autres prennent le document pour une carte au trésor et décident de partir en chasse...
Kogoro, Ran et Conan se rendent à Kyoto dans le train à grande vitesse pour assister à la cérémonie de mariage d'un ami. Ils sont accompagnés d'Ayumi, Genta et Mitsuhiko quand ils tombent nez à nez avec deux hommes vêtus de noir. Ils espionnent la conversation entre les deux hommes. Ils découvrent alors qu'ils prévoient d'éliminer un homme d'affaires avec une bombe.
Ran et son ami participent à une fête de Saint Valentin lorsqu'un meurtre est commis sur les lieux. La victime n'est autre que Katsuhiko Miyagawa, le fils aîné des propriétaires de la résidence où se déroule la fête. La cause de la mort est due à un empoisonnement...
Le chirurgien Ogawa est intrigué par les jouets et l'argent qu'il reçoit tous les mois de façon anonyme depuis deux ans. Kogoro est chargé de l'enquête.
Le propriétaire d'une galerie d'oeuvres d'art médiévales est assassiné sur son lieu de travail. Le crime, perpétré à une heure avancée de la nuit, reprend le même procédé que le tableau « Divine punishment ». A peine arrivés sur les lieux, l'Inspecteur Megure et les autres visionnent les images des caméras de surveillance.
La nuit précédant le plus grand Festival de Printemps au monde, le romancier Tomo Imatake est abattu par balles. Le meurtrier, un romancier du nom de Sasai, ôte son déguisement et jette le revolver dans le fleuve avant de retourner se confondre avec la foule.
Une lycéenne du nom d'Akagi se présente à l'agence de détectives privés Mouri en affirmant qu'elle était la petite amie de Shinichi et qu'elle voulait prendre de ses nouvelles. Conan, Ran et les autres en restent bouche bée. Conan n'a pas la moindre idée de qui il peut bien s'agir ! Après être allé dans la chambre de Akagi, Conan en conclu qu'il se trame quelque chose de suspect.
L'Agence de Détectives Mouri reçoit une lettre bien mystérieuse. Après avoir accepté le travail, Kogoro, Ran et Conan se rendent sur l'île Tsukikage. Mais lorsqu'ils arrivent, ils se rendent compte que leur client n'est autre que le pianiste Kenji Aso qui est mort brûlé vif en jouant la sonate au Clair de Lune après avoir incendié sa maison 10 ans plus tôt.
Conan et les autres jouent à cache-cache dans le Parc Beika. Ayumi se cache dans le coffre d'une voiture et s'endort accidentellement. La voiture finit par démarrer et Conan tente de la contacter grâce au badge émetteur que lui a procuré le Dr Agasa.
Masami Hirota, une femme de la préfecture de Yamagata, demande à Kogoro Mouri de surveiller les aller-venues de son père. L’homme, Kenzo Hirota, finit par être retrouvé et l’affaire est close. Mais, peu après, l’homme se suicide.
Un bateau vide avec un ballon rouge attaché dessus passe devant Conan et les autres pendant leur partie de pêche. Au même instant, un coup de feu retenti depuis l’autre rivage et le ballon explose. Conan trouve une calculatrice parmi les débris. On peut lire un message à son attention sur l’écran. Il doit d’agir au plus vite pour empêcher les snipers de tuer leur cible !
Conan et les membres de la patrouille des jeunes détectives partent à la recherche d'un chat. Les traces de sang laissées par l'animal les conduisent à une maison, où ils découvrent le cadavre d'un homme dans sa baignoire. La demeure est celle de l'écrivain Kazuyoshi Tanaka, célèbre pour avoir remporté le prix littéraire Seiun...
Conan et Kogoro rendent visite à Denjiro Maru, le président du groupe Maru, afin de lui communiquer les résultats de l'enquête qu'ils ont menée sur sa femme. Mais ils découvrent le corps sans vie de Maru à l'arrière de la maison...
Les quatre détectives en herbe, Conan, Ayumi, Genta et Mitsuhiko, se rendent au centre commercial pour assister au spectacle Kamen Yaiba. Mais Genta y oublie le précieux autographe qu'il a obtenu juste après la représentation. Les quatre amis retournent au magasin avant la fermeture, dans l'espoir de le retrouver. Ils sont alors pris au piège...
C'est le jour du mariage de Sayuri Matsumoto, le professeur principal en cours moyen de Conan et de Ran. Sayuri explique à Conan pourquoi elle aime le thé au citron. Peu de temps après, on entend un drôle de bruit. Les invités se précipitent alors dans la salle et ils voient Sayuri en train de vomir son propre sang. Son thé glacé au citron a été empoisonné.
Ran est attendue dans l'immeuble d'un grand créateur japonais pour qui elle doit défiler. Mais, en montant dans l'ascenseur, elle assiste à un meurtre...
En passant devant une maison dite hantée depuis l'assassinat de son propriétaire, Conan découvre que la maison est effectivement habitée...
Tout commence sur le tournage de « Tuesday Mistery Theatre », une fiction télévisée dans laquelle joue l’idole médiatique Yoko Okino. Mouri, engagé comme conseillé technique, est au septième ciel après avoir été flatté par Yoko. L’équipe sur les lieux se compose de Taeko Mamegaki et de Yuji Shimazaki, qui ont prévu de se marier le mois suivant. Le lieu de la cérémonie se trouve à proximité, il s’agit de la maison des parents de Taeko. Bien que tout le monde parle avec effusion du mariage, Anzai, l’assistant, fait des remarques narquoises et se comporte de façon odieuse. Il affiche la montre musicale qu’il a ramenée des Etats-Unis et s’en va. Après avoir obtenu l’autographe de Nachi, l’homme jouant le partenaire de Yoko, Ran emmène Conan et cours derrière l’autel. Là , elle découvre accidentellement comment Anzai cherche à faire chanter Nachi. Cette nuit là , Yoko, Ran et Conan quittent la fête pour faire les courses dans une épicerie. C’est alors que Conan entend la montre musicale
Conan est confronté à une série de meurtres. La femme de Takeshi est assassinée lors de leur mariage. Celui-ci devient alors le principal suspect...
Conan est confronté à une série de meurtres. La femme de Takeshi est assassinée lors de leur mariage. Celui-ci devient alors le principal suspect...
Shinichi Kudo
Personnage d'animation
GĂ´shĂ´ Aoyama
Créateur
Kenji Kodama
RĂ©alisateur
YasuichirĂ´ Yamamoto
RĂ©alisateur
Ioanna Gkizas
Voix Off VF
Emmanuel Liénart
Voix Off VF
Marie-Line Landerwijn
Voix Off VF
Bruno Mullenaerts
Voix Off VF
Minami Takayama
Voix Off VO
Akira Kamiya
Voix Off VO
Kappei Yamaguchi
Voix Off VO
Wakana Yamazaki
Voix Off VO
Chafûrin
Voix Off VO
TOKYO MOVIE SHINSHA
Producteur
Mitomu Asai
Producteur
Katsuo Ôno
Musicien
Kazunari Kouchi
Scénariste
Junichi Miyashita
Scénariste
Yûichi Higurashi
Scénariste
Hiroshi Kashiwabara
Scénariste
Toshiki Inoue
Scénariste
Rasha Rizk
Musicien
Yasushi Hirano
Scénariste
Hirohito Ochi
Scénariste